More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3677 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  80.3 
 
 		 228 aa  300  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  80.3 
 
 		 216 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  72.6 
 
 		 220 aa  299  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 217 aa  297  9e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  76.89 
 
 		 216 aa  295  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  71.78 
 
 		 219 aa  292  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 248 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 236 aa  105  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 237 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 227 aa  101  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  33.96 
 
 		 240 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  32.1 
 
 		 248 aa  98.2  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 240 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 266 aa  95.9  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 239 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 244 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 243 aa  92.4  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 238 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  30.88 
 
 		 226 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  31.71 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 251 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  31.65 
 
 		 234 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 248 aa  89.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 217 aa  89  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 236 aa  89  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 224 aa  88.2  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 249 aa  86.7  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 225 aa  85.9  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  31.96 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.35 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 280 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.35 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.35 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.35 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.81 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 221 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  29.41 
 
 		 221 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  25.41 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  35.04 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 268 aa  72  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 223 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  32.85 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1807  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.521171 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>