More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1984 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  427  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 249 aa  142  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 266 aa  141  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 251 aa  128  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  39.07 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  41.95 
 
 		 226 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  40.98 
 
 		 244 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 236 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 217 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 280 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  37.2 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 230 aa  112  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 238 aa  111  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 221 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 215 aa  104  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 240 aa  104  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  37.74 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 217 aa  99.8  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.23 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.92 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 237 aa  99.8  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.23 
 
 		 221 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.23 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 227 aa  98.2  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.75 
 
 		 221 aa  98.2  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  31.75 
 
 		 221 aa  98.2  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.28 
 
 		 221 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 244 aa  92  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  34.33 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 230 aa  90.1  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.53 
 
 		 228 aa  89.4  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 216 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 216 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 221 aa  88.6  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 220 aa  88.6  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  33.67 
 
 		 237 aa  88.2  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 246 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 246 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  33.63 
 
 		 238 aa  85.5  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 233 aa  84.7  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2902  GntR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 214 aa  81.6  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  36.79 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.21 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 236 aa  74.7  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  39.09 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4647  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.05 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  32.12 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.21 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.21 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 231 aa  72  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 240 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  72  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.21 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.21 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 232 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 241 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>