More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2244 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
325 aa  630  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  89.85 
 
 
325 aa  524  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  89.23 
 
 
325 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.47 
 
 
325 aa  479  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  75.23 
 
 
324 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  75.85 
 
 
324 aa  462  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  75.16 
 
 
319 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  70.5 
 
 
330 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  64.8 
 
 
322 aa  393  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  65.84 
 
 
324 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.72 
 
 
333 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.64 
 
 
340 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.65 
 
 
325 aa  281  8.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.76 
 
 
330 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  51.27 
 
 
329 aa  274  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.77 
 
 
331 aa  271  7e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  50 
 
 
329 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.25 
 
 
328 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.92 
 
 
328 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  52.56 
 
 
330 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.13 
 
 
320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.48 
 
 
327 aa  239  4e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.7 
 
 
327 aa  239  5e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.07 
 
 
329 aa  239  6.999999999999999e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.35 
 
 
338 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.52 
 
 
318 aa  231  9e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.73 
 
 
324 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.17 
 
 
321 aa  229  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.28 
 
 
318 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  46.5 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.35 
 
 
339 aa  219  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.1 
 
 
324 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  45.48 
 
 
324 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  45.48 
 
 
324 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  45.48 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  43.49 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  46.23 
 
 
326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.79 
 
 
328 aa  211  9e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  43 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  43 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  43 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  43 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  43 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  43 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  46.56 
 
 
320 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.4 
 
 
321 aa  210  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  42.67 
 
 
327 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
325 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  42.67 
 
 
327 aa  209  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
325 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.05 
 
 
324 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.91 
 
 
323 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.98 
 
 
332 aa  206  5e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  45.19 
 
 
323 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.46 
 
 
327 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.8 
 
 
318 aa  203  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.48 
 
 
304 aa  203  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  44.59 
 
 
322 aa  202  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  43.99 
 
 
320 aa  202  9e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1202  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.55 
 
 
333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.62 
 
 
403 aa  200  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  40.85 
 
 
324 aa  199  6e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.85 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  42.77 
 
 
304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  42.67 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  40.52 
 
 
324 aa  195  8.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.91 
 
 
317 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  40 
 
 
405 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.08 
 
 
322 aa  192  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.03 
 
 
315 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  42.72 
 
 
330 aa  188  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.97 
 
 
320 aa  188  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  45.04 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.46 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  43.97 
 
 
321 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  40.72 
 
 
514 aa  183  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.5 
 
 
315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  37.16 
 
 
402 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  35.35 
 
 
403 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  40.95 
 
 
402 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.54 
 
 
315 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  37.54 
 
 
415 aa  179  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.59 
 
 
311 aa  178  9e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.05 
 
 
402 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  34.71 
 
 
403 aa  178  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.14 
 
 
319 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.9 
 
 
311 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.17 
 
 
319 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.9 
 
 
311 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.9 
 
 
343 aa  176  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  34.39 
 
 
403 aa  176  5e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  38.84 
 
 
402 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.95 
 
 
324 aa  175  7e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  36.16 
 
 
326 aa  175  9e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  37.42 
 
 
403 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  40.26 
 
 
506 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  37.42 
 
 
408 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>