108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2864 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2934  hypothetical protein  86.84 
 
 		 403 aa  665    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3211  extracellular solute-binding protein family 1  99.21 
 
 		 380 aa  765    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2864  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 380 aa  771    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.382668 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  46.04 
 
 		 362 aa  339  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1306  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 		 369 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.701273  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  45.16 
 
 		 362 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3438  hypothetical protein  50.14 
 
 		 401 aa  335  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4140  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 		 366 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0884015  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3214  extracellular solute-binding protein family 1  46.92 
 
 		 368 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.207758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3586  hypothetical protein  49.57 
 
 		 371 aa  332  7.000000000000001e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2867  extracellular solute-binding protein family 1  46.92 
 
 		 368 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0576807 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3666  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 		 366 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.818754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1767  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  43.25 
 
 		 366 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583626  normal  0.0378604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3273  extracellular solute-binding protein  43.25 
 
 		 366 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.281784  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.32 
 
 		 362 aa  329  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.32 
 
 		 362 aa  329  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2937  putative periplasmic IRON-binding signal peptide protein  46.92 
 
 		 365 aa  328  7e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4122  extracellular solute-binding protein  42.98 
 
 		 366 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4244  extracellular solute-binding protein  42.98 
 
 		 366 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.611623  normal  0.0395193 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1258  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.7 
 
 		 354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3145  hypothetical protein  43.7 
 
 		 362 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1375  extracellular solute-binding protein  43.4 
 
 		 362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0267839  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  43.86 
 
 		 366 aa  323  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3949  extracellular solute-binding protein  44.64 
 
 		 362 aa  321  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43441  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1128  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.32 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2276  putative periplasmic solute-binding protein  45.32 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.72431  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1036  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  45.32 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0951  ABC transporter, periplasmic-binding protein  45.29 
 
 		 362 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1725  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.15 
 
 		 362 aa  315  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106673  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0161  extracellular solute-binding protein family 1  46.65 
 
 		 368 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2402  hypothetical protein  43.95 
 
 		 365 aa  275  7e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.859613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6139  extracellular solute-binding protein  44.69 
 
 		 354 aa  258  8e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.160536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2764  extracellular solute-binding protein family 1  45.09 
 
 		 362 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.247835  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3338  putative iron ABC transporter, substrate-binding protein  40.69 
 
 		 354 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.125195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3637  extracellular solute-binding protein family 1  40.38 
 
 		 348 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.276394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6109  ABC transporter substrate binding protein (iron)  38.68 
 
 		 374 aa  239  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2272  hypothetical protein  41.69 
 
 		 381 aa  236  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.508192 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4258  putative iron ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  37.85 
 
 		 366 aa  235  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.289237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0729  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.706674  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4430  periplasmic iron-binding protein  34.36 
 
 		 350 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0309  periplasmic iron-binding protein  36.96 
 
 		 365 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3357  extracellular solute-binding protein family 1  39.94 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.825817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1449  extracellular solute-binding protein  37.26 
 
 		 364 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381136  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02405  periplasmic iron-binding protein  39.2 
 
 		 344 aa  206  4e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0259  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 		 346 aa  206  5e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0288  periplasmic iron-binding protein  38.61 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0059  extracellular solute-binding protein family 1  36.76 
 
 		 370 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4161  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  30.53 
 
 		 369 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0059  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1804  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  31.19 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2735  putative iron(III) transport system substrate-binding protein  32.29 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0641317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3493  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 		 358 aa  164  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.685703  normal  0.0583739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3126  putative periplasmic iron-binding protein  32.18 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4733  putative periplasmic solute-binding protein  43.51 
 
 		 155 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2265  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 380 aa  106  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3159  hypothetical protein  28.28 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4536  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 374 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.15899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 326 aa  72.4  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.2 
 
 		 341 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  23.88 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.2 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.2 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.84 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 327 aa  55.1  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2481  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 330 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.37214  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 		 325 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 381 aa  53.5  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 333 aa  52.8  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.13 
 
 		 341 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  23.18 
 
 		 341 aa  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  23.13 
 
 		 341 aa  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  23.18 
 
 		 341 aa  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 342 aa  51.6  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  22.91 
 
 		 326 aa  50.8  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 		 325 aa  49.7  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  22.93 
 
 		 340 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 		 326 aa  48.9  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 320 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1945  iron ABC transporter, iron-binding protein  25.13 
 
 		 345 aa  47.8  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1175  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 372 aa  47  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.282862  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4453  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 356 aa  47  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 354 aa  46.6  0.0008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1309  putative transporter  22.91 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.442575  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.92 
 
 		 349 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3480  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  34.07 
 
 		 391 aa  46.2  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2948  ABC transporter substrate binding protein  22.97 
 
 		 366 aa  45.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2940  twin-arginine translocation pathway signal  22.41 
 
 		 366 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 322 aa  44.3  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7381  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 387 aa  44.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  22.83 
 
 		 342 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>