147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A3438 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A3438  hypothetical protein  100 
 
 
401 aa  806    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3586  hypothetical protein  81.61 
 
 
371 aa  585  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2934  hypothetical protein  49.29 
 
 
403 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3666  extracellular solute-binding protein  43.6 
 
 
366 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.818754 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4140  extracellular solute-binding protein  43.87 
 
 
366 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0884015  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4122  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 
366 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4244  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 
366 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.611623  normal  0.0395193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3273  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 
366 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.281784  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1767  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  42.23 
 
 
366 aa  318  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583626  normal  0.0378604 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.1 
 
 
362 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.1 
 
 
362 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  42.82 
 
 
366 aa  316  4e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3211  extracellular solute-binding protein family 1  50 
 
 
380 aa  315  9e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2864  extracellular solute-binding protein family 1  50 
 
 
380 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.382668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1306  extracellular solute-binding protein  42.22 
 
 
369 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.701273  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  43.1 
 
 
362 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1725  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.24 
 
 
362 aa  305  7e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106673  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1128  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.82 
 
 
362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2276  putative periplasmic solute-binding protein  42.82 
 
 
362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.72431  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1036  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  42.82 
 
 
362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0951  ABC transporter, periplasmic-binding protein  42.82 
 
 
362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  41.55 
 
 
362 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2867  extracellular solute-binding protein family 1  40.87 
 
 
368 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0576807 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2937  putative periplasmic IRON-binding signal peptide protein  41.45 
 
 
365 aa  293  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3214  extracellular solute-binding protein family 1  40.87 
 
 
368 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.207758  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3145  hypothetical protein  39.13 
 
 
362 aa  290  3e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1258  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.13 
 
 
354 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1375  extracellular solute-binding protein  38.84 
 
 
362 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0267839  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0161  extracellular solute-binding protein family 1  50 
 
 
368 aa  289  7e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3949  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 
362 aa  288  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43441  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2402  hypothetical protein  45.96 
 
 
365 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.859613  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0309  periplasmic iron-binding protein  43.16 
 
 
365 aa  260  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6109  ABC transporter substrate binding protein (iron)  37.03 
 
 
374 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6139  extracellular solute-binding protein  43.62 
 
 
354 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.160536  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3637  extracellular solute-binding protein family 1  39.69 
 
 
348 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.276394  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4258  putative iron ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  37.54 
 
 
366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.289237  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1449  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 
364 aa  246  6.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381136  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3338  putative iron ABC transporter, substrate-binding protein  38.77 
 
 
354 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.125195 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0729  extracellular solute-binding protein  43.38 
 
 
363 aa  242  7.999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.706674  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2272  hypothetical protein  40.24 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.508192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2764  extracellular solute-binding protein family 1  42.81 
 
 
362 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.247835  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3357  extracellular solute-binding protein family 1  41.1 
 
 
351 aa  233  6e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.825817  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4430  periplasmic iron-binding protein  37.96 
 
 
350 aa  227  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02405  periplasmic iron-binding protein  39.88 
 
 
344 aa  226  6e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0259  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 
346 aa  215  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0288  periplasmic iron-binding protein  37.21 
 
 
346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0059  extracellular solute-binding protein  37.58 
 
 
377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0059  extracellular solute-binding protein family 1  37.85 
 
 
370 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4161  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  33.33 
 
 
369 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648243  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2735  putative iron(III) transport system substrate-binding protein  37.69 
 
 
303 aa  191  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0641317  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1804  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  33.54 
 
 
354 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3493  extracellular solute-binding protein  36.7 
 
 
358 aa  190  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.685703  normal  0.0583739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3126  putative periplasmic iron-binding protein  36.59 
 
 
333 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2265  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
380 aa  116  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4733  putative periplasmic solute-binding protein  42.76 
 
 
155 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3159  hypothetical protein  30.74 
 
 
364 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4536  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
374 aa  102  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.15899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
326 aa  74.7  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 
381 aa  69.3  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 
382 aa  67.4  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  26.99 
 
 
333 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4354  putative ABC transport system, substrate-binding exported protein  24.85 
 
 
359 aa  60.1  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.710836 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 
338 aa  59.7  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.63 
 
 
338 aa  59.7  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
327 aa  58.9  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 
368 aa  58.5  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.92 
 
 
339 aa  57.4  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1842  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 
332 aa  57  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0219325  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1554  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
354 aa  56.6  0.0000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.202841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21350  ABC-type Fe3+ transport system, substrate binding component  25 
 
 
349 aa  56.2  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  25.46 
 
 
325 aa  55.5  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.99 
 
 
347 aa  54.3  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  25.52 
 
 
340 aa  53.5  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1820  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.91 
 
 
362 aa  53.1  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34313  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1786  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.91 
 
 
362 aa  53.1  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  25.96 
 
 
339 aa  53.1  0.000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0818  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.91 
 
 
362 aa  53.1  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0448  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.91 
 
 
362 aa  53.1  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1109  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.72 
 
 
356 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0354  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.72 
 
 
356 aa  53.1  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2082  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.72 
 
 
356 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6021  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 
347 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2139  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
347 aa  52.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1309  putative transporter  24.07 
 
 
337 aa  52.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.442575  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 
339 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  21.05 
 
 
341 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 
343 aa  50.8  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 
333 aa  50.8  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.05 
 
 
341 aa  50.4  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
340 aa  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 
326 aa  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5376  putative lipoprotein  27.48 
 
 
344 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2521  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 
340 aa  49.7  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1945  iron ABC transporter, iron-binding protein  22.57 
 
 
345 aa  48.9  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5430  putative lipoprotein  28.79 
 
 
344 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  22.95 
 
 
354 aa  49.3  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  20.7 
 
 
341 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  25.18 
 
 
351 aa  48.5  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
320 aa  48.9  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>