66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0309 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0309  periplasmic iron-binding protein  100 
 
 		 365 aa  728    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6109  ABC transporter substrate binding protein (iron)  56.67 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3338  putative iron ABC transporter, substrate-binding protein  56.77 
 
 		 354 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.125195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3637  extracellular solute-binding protein family 1  57.56 
 
 		 348 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.276394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4258  putative iron ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  59.5 
 
 		 366 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.289237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3438  hypothetical protein  43.16 
 
 		 401 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3586  hypothetical protein  42.68 
 
 		 371 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  38.75 
 
 		 362 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4140  extracellular solute-binding protein  36.01 
 
 		 366 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0884015  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4244  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 366 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.611623  normal  0.0395193 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4122  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 366 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  38.44 
 
 		 366 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3273  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.281784  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3666  extracellular solute-binding protein  35.73 
 
 		 366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.818754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  37.81 
 
 		 362 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1767  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  36.01 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583626  normal  0.0378604 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.13 
 
 		 362 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.13 
 
 		 362 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0951  ABC transporter, periplasmic-binding protein  36.13 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2276  putative periplasmic solute-binding protein  36.13 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.72431  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1036  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  36.13 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1128  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.13 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0161  extracellular solute-binding protein family 1  41.51 
 
 		 368 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1725  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.57 
 
 		 362 aa  232  6e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106673  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1306  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 369 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.701273  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2867  extracellular solute-binding protein family 1  35.22 
 
 		 368 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0576807 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3214  extracellular solute-binding protein family 1  35.22 
 
 		 368 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.207758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2937  putative periplasmic IRON-binding signal peptide protein  34.93 
 
 		 365 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2934  hypothetical protein  37.58 
 
 		 403 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1449  extracellular solute-binding protein  35.29 
 
 		 364 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381136  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3211  extracellular solute-binding protein family 1  37.27 
 
 		 380 aa  216  7e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3949  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 		 362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2864  extracellular solute-binding protein family 1  36.96 
 
 		 380 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.382668 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2402  hypothetical protein  36.92 
 
 		 365 aa  212  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.859613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6139  extracellular solute-binding protein  37.27 
 
 		 354 aa  209  8e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.160536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1375  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0267839  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4430  periplasmic iron-binding protein  34.47 
 
 		 350 aa  206  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0729  extracellular solute-binding protein  36.17 
 
 		 363 aa  205  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.706674  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0059  extracellular solute-binding protein family 1  38.75 
 
 		 370 aa  205  9e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2764  extracellular solute-binding protein family 1  37.91 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.247835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3145  hypothetical protein  31.14 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1258  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.25 
 
 		 354 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3357  extracellular solute-binding protein family 1  34.14 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.825817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02405  periplasmic iron-binding protein  34.65 
 
 		 344 aa  189  8e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0059  extracellular solute-binding protein  37.06 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2272  hypothetical protein  35.69 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.508192 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3493  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 358 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.685703  normal  0.0583739 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0259  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0288  periplasmic iron-binding protein  32.3 
 
 		 346 aa  179  8e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4161  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  28.15 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3126  putative periplasmic iron-binding protein  32.62 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1804  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  31.23 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2735  putative iron(III) transport system substrate-binding protein  32.09 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0641317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4536  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 374 aa  75.9  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.15899  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3159  hypothetical protein  25 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2265  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4733  putative periplasmic solute-binding protein  27.7 
 
 		 155 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  21.4 
 
 		 333 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 338 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3474  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.81 
 
 		 301 aa  53.1  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.586797  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0323  twin-arginine translocation pathway signal  23.6 
 
 		 371 aa  44.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 		 383 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 326 aa  43.1  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>