117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1375 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1258  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  99.72 
 
 
354 aa  723    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3145  hypothetical protein  99.45 
 
 
362 aa  736    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1375  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
362 aa  739    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0267839  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3949  extracellular solute-binding protein  81.77 
 
 
362 aa  622  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43441  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2937  putative periplasmic IRON-binding signal peptide protein  61.99 
 
 
365 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2867  extracellular solute-binding protein family 1  61.47 
 
 
368 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0576807 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3214  extracellular solute-binding protein family 1  61.47 
 
 
368 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.207758  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  55.99 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  55.95 
 
 
362 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  55.46 
 
 
366 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4140  extracellular solute-binding protein  55.85 
 
 
366 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0884015  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3666  extracellular solute-binding protein  55.26 
 
 
366 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.818754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1767  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  54.68 
 
 
366 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583626  normal  0.0378604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4122  extracellular solute-binding protein  54.68 
 
 
366 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4244  extracellular solute-binding protein  54.68 
 
 
366 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.611623  normal  0.0395193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3273  extracellular solute-binding protein  54.68 
 
 
366 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.281784  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.1 
 
 
362 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.1 
 
 
362 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1128  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.38 
 
 
362 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2276  putative periplasmic solute-binding protein  52.38 
 
 
362 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.72431  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1725  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  53.22 
 
 
362 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106673  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1036  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  52.38 
 
 
362 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0951  ABC transporter, periplasmic-binding protein  52.38 
 
 
362 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1306  extracellular solute-binding protein  50.28 
 
 
369 aa  368  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.701273  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2934  hypothetical protein  43.99 
 
 
403 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3211  extracellular solute-binding protein family 1  43.7 
 
 
380 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2864  extracellular solute-binding protein family 1  43.4 
 
 
380 aa  315  8e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.382668 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0161  extracellular solute-binding protein family 1  44.68 
 
 
368 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3586  hypothetical protein  39.89 
 
 
371 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3438  hypothetical protein  38.84 
 
 
401 aa  289  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2402  hypothetical protein  39.08 
 
 
365 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.859613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6139  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 
354 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.160536  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2764  extracellular solute-binding protein family 1  39.55 
 
 
362 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.247835  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6109  ABC transporter substrate binding protein (iron)  35.44 
 
 
374 aa  235  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3338  putative iron ABC transporter, substrate-binding protein  35.46 
 
 
354 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.125195 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4258  putative iron ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  35.14 
 
 
366 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.289237  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3637  extracellular solute-binding protein family 1  34.59 
 
 
348 aa  226  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.276394  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4430  periplasmic iron-binding protein  34.26 
 
 
350 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3357  extracellular solute-binding protein family 1  33.23 
 
 
351 aa  209  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.825817  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0309  periplasmic iron-binding protein  31.42 
 
 
365 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02405  periplasmic iron-binding protein  32.54 
 
 
344 aa  206  4e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0729  extracellular solute-binding protein  33.76 
 
 
363 aa  205  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.706674  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2272  hypothetical protein  34.06 
 
 
381 aa  203  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.508192 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1449  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 
364 aa  199  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381136  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0259  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 
346 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0288  periplasmic iron-binding protein  31.23 
 
 
346 aa  194  3e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0059  extracellular solute-binding protein family 1  33.23 
 
 
370 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4161  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  32.5 
 
 
369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648243  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1804  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  31.02 
 
 
354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0059  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
377 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3493  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.685703  normal  0.0583739 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3159  hypothetical protein  31.21 
 
 
364 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4536  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
374 aa  129  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.15899  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3126  putative periplasmic iron-binding protein  27.43 
 
 
333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4733  putative periplasmic solute-binding protein  39.01 
 
 
155 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2265  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
380 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2735  putative iron(III) transport system substrate-binding protein  26.81 
 
 
303 aa  123  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0641317  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1842  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0219325  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 
338 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  26.62 
 
 
364 aa  62  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 
333 aa  60.5  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
322 aa  59.3  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1309  putative transporter  25.27 
 
 
337 aa  57.8  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.442575  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
343 aa  56.6  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 
326 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  22.77 
 
 
320 aa  55.1  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
327 aa  55.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1318  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
352 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801159  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2968  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
445 aa  54.7  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.812096 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1726  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.1 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.477367  normal  0.0250834 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 
354 aa  52.8  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3993  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  26.1 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.249752  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 
381 aa  52  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 
325 aa  52.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 
336 aa  52.4  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
338 aa  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.2 
 
 
347 aa  51.6  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
368 aa  51.2  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
326 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
340 aa  51.2  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 
320 aa  50.8  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21350  ABC-type Fe3+ transport system, substrate binding component  23.47 
 
 
349 aa  50.4  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1275  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
354 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  0.567692 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4354  putative ABC transport system, substrate-binding exported protein  21.79 
 
 
359 aa  49.3  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.710836 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
341 aa  48.9  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2481  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.37214  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21960  hypothetical protein  25.42 
 
 
352 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000202681 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 
379 aa  47.8  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3480  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  36.49 
 
 
391 aa  47.4  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.83 
 
 
341 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3878  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.8 
 
 
355 aa  47  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2471  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
390 aa  47  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1875  hypothetical protein  26.03 
 
 
352 aa  47  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.83 
 
 
341 aa  46.6  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1606  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.51 
 
 
355 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.273588 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0500  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
367 aa  46.2  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
322 aa  46.2  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0950  extracellular solute-binding protein  35.48 
 
 
366 aa  46.2  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.161195 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
382 aa  46.2  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0346  ABC transporter, substrate binding protein  25.52 
 
 
366 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.24266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>