183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2867 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2937  putative periplasmic IRON-binding signal peptide protein  90.49 
 
 		 365 aa  664    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3214  extracellular solute-binding protein family 1  99.46 
 
 		 368 aa  746    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.207758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2867  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 368 aa  749    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0576807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3949  extracellular solute-binding protein  63.76 
 
 		 362 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1375  extracellular solute-binding protein  61.3 
 
 		 362 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0267839  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3145  hypothetical protein  61.58 
 
 		 362 aa  454  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1258  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.58 
 
 		 354 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4140  extracellular solute-binding protein  59.56 
 
 		 366 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0884015  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1767  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  59.29 
 
 		 366 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583626  normal  0.0378604 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3666  extracellular solute-binding protein  59.56 
 
 		 366 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.818754 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  59.56 
 
 		 366 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3273  extracellular solute-binding protein  59.56 
 
 		 366 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.281784  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4122  extracellular solute-binding protein  59.02 
 
 		 366 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4244  extracellular solute-binding protein  59.02 
 
 		 366 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.611623  normal  0.0395193 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.24 
 
 		 362 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.24 
 
 		 362 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  58.29 
 
 		 362 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1725  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.12 
 
 		 362 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106673  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1128  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.52 
 
 		 362 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2276  putative periplasmic solute-binding protein  58.52 
 
 		 362 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.72431  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  58.6 
 
 		 362 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1036  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  58.52 
 
 		 362 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0951  ABC transporter, periplasmic-binding protein  58.73 
 
 		 362 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1306  extracellular solute-binding protein  55.37 
 
 		 369 aa  388  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.701273  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2934  hypothetical protein  46.92 
 
 		 403 aa  334  1e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3211  extracellular solute-binding protein family 1  47.21 
 
 		 380 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2864  extracellular solute-binding protein family 1  46.92 
 
 		 380 aa  315  7e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.382668 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3586  hypothetical protein  41.64 
 
 		 371 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3438  hypothetical protein  40.56 
 
 		 401 aa  296  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2402  hypothetical protein  43.12 
 
 		 365 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.859613  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0161  extracellular solute-binding protein family 1  41.87 
 
 		 368 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6139  extracellular solute-binding protein  41.16 
 
 		 354 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.160536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2764  extracellular solute-binding protein family 1  41.6 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.247835  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6109  ABC transporter substrate binding protein (iron)  34.56 
 
 		 374 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4258  putative iron ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  36.1 
 
 		 366 aa  230  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.289237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0309  periplasmic iron-binding protein  35.26 
 
 		 365 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3338  putative iron ABC transporter, substrate-binding protein  35.78 
 
 		 354 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.125195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3637  extracellular solute-binding protein family 1  35.78 
 
 		 348 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.276394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3357  extracellular solute-binding protein family 1  35.45 
 
 		 351 aa  212  7.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.825817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1449  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 364 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381136  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0729  extracellular solute-binding protein  33.76 
 
 		 363 aa  206  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.706674  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02405  periplasmic iron-binding protein  33.64 
 
 		 344 aa  199  6e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4430  periplasmic iron-binding protein  31.93 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0259  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 		 346 aa  189  5e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0288  periplasmic iron-binding protein  33.44 
 
 		 346 aa  186  5e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2272  hypothetical protein  33.12 
 
 		 381 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.508192 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4161  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  31.25 
 
 		 369 aa  176  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0059  extracellular solute-binding protein family 1  32.32 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0059  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2735  putative iron(III) transport system substrate-binding protein  29.34 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0641317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1804  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  29.69 
 
 		 354 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4733  putative periplasmic solute-binding protein  41.84 
 
 		 155 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3126  putative periplasmic iron-binding protein  28.8 
 
 		 333 aa  135  9e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3159  hypothetical protein  29.07 
 
 		 364 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3493  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 358 aa  133  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.685703  normal  0.0583739 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4536  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.15899  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2265  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 381 aa  76.3  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  27.24 
 
 		 333 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 333 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 		 325 aa  67  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  27.64 
 
 		 364 aa  67  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1275  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  0.567692 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  24.62 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1842  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0219325  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1875  hypothetical protein  28.74 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3993  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  29.68 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.249752  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  24.86 
 
 		 343 aa  62.4  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21960  hypothetical protein  28.57 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000202681 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4354  putative ABC transport system, substrate-binding exported protein  28.01 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.710836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1726  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.477367  normal  0.0250834 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1471  extracellular solute-binding protein family 1  28.11 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.72 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1318  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  23.38 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  21.69 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3878  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.52 
 
 		 355 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  25.64 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  25.64 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1686  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.85 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.224605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  25.64 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.64 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  26.11 
 
 		 341 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.11 
 
 		 341 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.11 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.11 
 
 		 341 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  26.44 
 
 		 339 aa  57  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1309  putative transporter  25.78 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.442575  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>