75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2402 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2402  hypothetical protein  100 
 
 
365 aa  748    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.859613  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4244  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
366 aa  292  8e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.611623  normal  0.0395193 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4122  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
366 aa  292  8e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3273  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
366 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.281784  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
366 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1767  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  44.1 
 
 
366 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583626  normal  0.0378604 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3214  extracellular solute-binding protein family 1  43.12 
 
 
368 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.207758  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4140  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 
366 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0884015  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3666  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 
366 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.818754 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2867  extracellular solute-binding protein family 1  43.12 
 
 
368 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0576807 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3586  hypothetical protein  45.09 
 
 
371 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3438  hypothetical protein  45.96 
 
 
401 aa  282  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  42.51 
 
 
362 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.86 
 
 
362 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.86 
 
 
362 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2937  putative periplasmic IRON-binding signal peptide protein  42.81 
 
 
365 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0951  ABC transporter, periplasmic-binding protein  42.2 
 
 
362 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  41.93 
 
 
362 aa  275  9e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2276  putative periplasmic solute-binding protein  42.55 
 
 
362 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.72431  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1036  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  42.55 
 
 
362 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1128  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.55 
 
 
362 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3145  hypothetical protein  39.38 
 
 
362 aa  272  8.000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1725  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.24 
 
 
362 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106673  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1375  extracellular solute-binding protein  39.08 
 
 
362 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0267839  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1258  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.38 
 
 
354 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2934  hypothetical protein  42.77 
 
 
403 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0161  extracellular solute-binding protein family 1  48.65 
 
 
368 aa  269  7e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3949  extracellular solute-binding protein  38.34 
 
 
362 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43441  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3211  extracellular solute-binding protein family 1  45.03 
 
 
380 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2864  extracellular solute-binding protein family 1  43.95 
 
 
380 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.382668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1306  extracellular solute-binding protein  37.73 
 
 
369 aa  256  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.701273  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2764  extracellular solute-binding protein family 1  41 
 
 
362 aa  230  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.247835  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6139  extracellular solute-binding protein  39.87 
 
 
354 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.160536  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1449  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 
364 aa  225  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381136  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0729  extracellular solute-binding protein  38.86 
 
 
363 aa  223  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.706674  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3357  extracellular solute-binding protein family 1  38.67 
 
 
351 aa  215  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.825817  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0309  periplasmic iron-binding protein  36.92 
 
 
365 aa  212  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02405  periplasmic iron-binding protein  36.45 
 
 
344 aa  209  9e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6109  ABC transporter substrate binding protein (iron)  34.29 
 
 
374 aa  208  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4258  putative iron ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  32.69 
 
 
366 aa  200  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.289237  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3637  extracellular solute-binding protein family 1  33.01 
 
 
348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.276394  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4161  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  32.11 
 
 
369 aa  196  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648243  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3338  putative iron ABC transporter, substrate-binding protein  32.69 
 
 
354 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.125195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2272  hypothetical protein  35.44 
 
 
381 aa  193  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.508192 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0259  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 
346 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0288  periplasmic iron-binding protein  35.76 
 
 
346 aa  186  6e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4430  periplasmic iron-binding protein  32.59 
 
 
350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2735  putative iron(III) transport system substrate-binding protein  37.38 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0641317  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0059  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 
377 aa  179  9e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0059  extracellular solute-binding protein family 1  34.58 
 
 
370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3493  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 
358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.685703  normal  0.0583739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1804  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  29.38 
 
 
354 aa  167  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3126  putative periplasmic iron-binding protein  35.14 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4733  putative periplasmic solute-binding protein  38.62 
 
 
155 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2265  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3159  hypothetical protein  28.02 
 
 
364 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4536  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.15899  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
338 aa  62  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  26.1 
 
 
325 aa  57.4  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 
333 aa  56.2  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 
381 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
320 aa  53.9  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 
326 aa  53.1  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  20.71 
 
 
342 aa  50.4  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 
326 aa  50.4  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 
382 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  21.3 
 
 
342 aa  50.1  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  19.86 
 
 
341 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  19.86 
 
 
341 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 
342 aa  48.5  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
322 aa  47.4  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  20.43 
 
 
341 aa  46.6  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  21.78 
 
 
341 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.43 
 
 
341 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  21.07 
 
 
341 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>