94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2853 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 274 aa  551  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  87.91 
 
 		 292 aa  453  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  55.19 
 
 		 293 aa  285  5.999999999999999e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.82 
 
 		 273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  52.03 
 
 		 266 aa  271  7e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.25 
 
 		 290 aa  259  3e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  51.46 
 
 		 285 aa  256  4e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.12 
 
 		 276 aa  252  4.0000000000000004e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  48.36 
 
 		 285 aa  245  6.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  49.62 
 
 		 277 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.5 
 
 		 276 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.87 
 
 		 276 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.72 
 
 		 274 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  48.52 
 
 		 276 aa  233  3e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  46.42 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.53 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.09 
 
 		 279 aa  229  5e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.41 
 
 		 269 aa  226  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  46.89 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.22 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.59 
 
 		 265 aa  211  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.32 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.3 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  43.62 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  41.26 
 
 		 280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  40.89 
 
 		 280 aa  195  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  40.89 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  40.89 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  40.52 
 
 		 280 aa  192  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  40.52 
 
 		 280 aa  192  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  39.29 
 
 		 278 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.55 
 
 		 394 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.19 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.88 
 
 		 286 aa  178  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.46 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 		 297 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  30.9 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  30.34 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  30.34 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  28.83 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.01 
 
 		 313 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.48 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  32.26 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  30.15 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  30.15 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  30.59 
 
 		 261 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.86 
 
 		 631 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 		 290 aa  51.6  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.59 
 
 		 282 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.28 
 
 		 631 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  25.2 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  22.98 
 
 		 617 aa  50.1  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  27.98 
 
 		 293 aa  49.7  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 303 aa  49.3  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.23 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  21.79 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.54 
 
 		 280 aa  48.1  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.65 
 
 		 288 aa  47.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 289 aa  47.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.61 
 
 		 630 aa  47  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  24.12 
 
 		 270 aa  47  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  31.46 
 
 		 259 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3104  hypothetical protein  28.65 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3120  hypothetical protein  28.65 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0148759 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  28.65 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3036  hypothetical protein  28.65 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.46 
 
 		 276 aa  45.8  0.0007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4578  xylose isomerase domain-containing protein  31.86 
 
 		 137 aa  45.8  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.615471  normal  0.641383 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  22.69 
 
 		 283 aa  45.8  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  29.87 
 
 		 286 aa  45.8  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  25.58 
 
 		 260 aa  45.8  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.98 
 
 		 281 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.62 
 
 		 630 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 		 304 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.72 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.59 
 
 		 739 aa  44.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.2 
 
 		 635 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  29.07 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.14 
 
 		 638 aa  43.9  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  29.07 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.18 
 
 		 630 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  29.07 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.18 
 
 		 630 aa  43.9  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  27.22 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  24.09 
 
 		 278 aa  43.1  0.005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.18 
 
 		 630 aa  42.7  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.18 
 
 		 630 aa  42.7  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.18 
 
 		 630 aa  42.7  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  24.68 
 
 		 305 aa  42.7  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.58 
 
 		 615 aa  42.4  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.98 
 
 		 635 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.45 
 
 		 256 aa  42.4  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  31.46 
 
 		 262 aa  42  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>