More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1564 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 283 aa  558  1e-158  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  84.45 
 
 		 283 aa  457  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1838  shikimate 5-dehydrogenase  59.55 
 
 		 285 aa  230  2e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4468  shikimate 5-dehydrogenase  51.46 
 
 		 273 aa  202  7e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 		 277 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 280 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 277 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 277 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 		 277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 		 277 aa  178  8e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 		 277 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  44.44 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  43.97 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  42.53 
 
 		 276 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 279 aa  175  6e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 		 273 aa  175  6e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 278 aa  172  5e-42  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  39.43 
 
 		 286 aa  170  3e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  40.66 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  42.36 
 
 		 282 aa  162  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  39.93 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  39.85 
 
 		 280 aa  160  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.77 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  41.7 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.66 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  44.53 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  45.02 
 
 		 271 aa  156  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  42.39 
 
 		 293 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.63 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.93 
 
 		 275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  40.58 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 288 aa  151  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  43.77 
 
 		 269 aa  151  8.999999999999999e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  42.18 
 
 		 360 aa  150  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  36.73 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.56 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  41.16 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.69 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  36.2 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  36.2 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 279 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 265 aa  145  6e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 279 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  35.84 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  35.48 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  41.06 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  41.88 
 
 		 473 aa  144  2e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 298 aa  143  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 284 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  40.97 
 
 		 280 aa  142  6e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 278 aa  142  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  36.82 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  35.48 
 
 		 274 aa  138  8.999999999999999e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>