104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5012 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5012  hypothetical protein  100 
 
 		 155 aa  314  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0120588  normal  0.173507 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4417  cupin:cupin region  80 
 
 		 155 aa  259  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3304  signal peptide protein  54.78 
 
 		 155 aa  135  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0282721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3499  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.04 
 
 		 161 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.163476 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3175  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.04 
 
 		 161 aa  130  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.20235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2004  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1685  cupin 2 domain-containing protein  38.03 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1804  cupin 2 domain-containing protein  39.44 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1177  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.03 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2778  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.16 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1874  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.14 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.935294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1566  cupin 2 domain-containing protein  38.89 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.826475  normal  0.129354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4362  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.67 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.951777 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.25 
 
 		 146 aa  48.9  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4521  hypothetical protein  32.88 
 
 		 129 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2629  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 138 aa  48.1  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  35.48 
 
 		 163 aa  47.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13508  hypothetical protein  31.82 
 
 		 177 aa  47.4  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1662  cupin 2 domain-containing protein  37.1 
 
 		 108 aa  47.4  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000140317  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0837  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.51 
 
 		 130 aa  47  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  37.18 
 
 		 179 aa  45.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.87 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2273  cupin 2 domain-containing protein  27.91 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0866  cupin 2 domain-containing protein  31.62 
 
 		 333 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.647462  normal  0.208586 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6233  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.46 
 
 		 163 aa  45.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398434  normal  0.379299 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.86 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.539282  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0134  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.71 
 
 		 118 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3665  hypothetical protein  29 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0265322 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2869  hypothetical protein  32.86 
 
 		 112 aa  45.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175305  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.87 
 
 		 122 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.438384  normal  0.13585 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1331  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.04 
 
 		 158 aa  44.7  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.46 
 
 		 332 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0971  cupin domain-containing protein  32.81 
 
 		 171 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.341283  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0551  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.48 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0692  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 163 aa  43.9  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3868  acireductone dioxygenase ARD  33.33 
 
 		 170 aa  43.9  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5545  cupin 2 domain-containing protein  31 
 
 		 141 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.89 
 
 		 181 aa  43.9  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2863  cupin 2, barrel  32.79 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1207  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0320  cupin 2 domain-containing protein  31.82 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.864661  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2738  acireductone dioxygenase ARD  31.08 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00558857  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1468  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 190 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1033  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.81 
 
 		 172 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.714129  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.81 
 
 		 172 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3018  cupin domain-containing protein  28.57 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117139  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2969  cupin 2  32 
 
 		 171 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1853  acireductone dioxygenase ARD  24.83 
 
 		 184 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0739842  normal  0.0828134 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2775  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.108544  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1781  Acireductone dioxygenase ARD  29 
 
 		 185 aa  43.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.242318 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2982  polyketide synthesis domain protein  28.57 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4148  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  31.82 
 
 		 170 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.178731  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1090  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  31.82 
 
 		 170 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2260  polyketide synthesis domain protein  28.57 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0666056 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4249  Acireductone dioxygenase ARD  26.4 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.262659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3858  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.53 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1032  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.81 
 
 		 121 aa  43.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2770  cupin domain-containing protein  28.57 
 
 		 120 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2719  hypothetical protein  28.57 
 
 		 120 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3781  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  30.3 
 
 		 170 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566667  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2699  hypothetical protein  28.57 
 
 		 120 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.615203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2981  cupin domain-containing protein  28.57 
 
 		 120 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1009  cupin family protein  34.29 
 
 		 119 aa  42  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.15 
 
 		 160 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2945  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 171 aa  42  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.68 
 
 		 115 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3020  polyketide synthesis domain protein  28.57 
 
 		 120 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2978  polyketide synthesis domain protein  28.57 
 
 		 120 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000628046 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1608  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.26 
 
 		 104 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00104789  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3773  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.69 
 
 		 421 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.239832  normal  0.155443 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4106  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase, putative  30.3 
 
 		 170 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3949  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  30.3 
 
 		 170 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3796  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  30.3 
 
 		 170 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4258  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  30.3 
 
 		 170 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  35.29 
 
 		 117 aa  41.6  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4170  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  30.3 
 
 		 170 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000017557  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4060  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  30.3 
 
 		 170 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2053  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.61 
 
 		 118 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  41.18 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01320  hypothetical protein  39.34 
 
 		 122 aa  41.6  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.333196  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4715  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.21 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  36.96 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1459  hypothetical protein  30.77 
 
 		 332 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0434689  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.62 
 
 		 294 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0663795  normal  0.136427 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0577  cupin 2 domain-containing protein  40.43 
 
 		 139 aa  41.6  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.210355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0587  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.43 
 
 		 139 aa  41.6  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.90971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3791  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.71 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.302037  normal  0.0222415 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6135  hypothetical protein  38.33 
 
 		 155 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.715074  normal  0.381762 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1689  hypothetical protein  36.96 
 
 		 235 aa  40.8  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.209957 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 100 aa  41.2  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1321  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.88 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.185757 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_11002  dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G07350)  35.62 
 
 		 355 aa  40.8  0.008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.627949  normal  0.657367 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1285  cupin region  30.77 
 
 		 113 aa  40.4  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1054  cupin family protein  27.66 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4820  cupin 2, barrel  35.29 
 
 		 155 aa  40.8  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3346  cupin 2 domain-containing protein  35.29 
 
 		 155 aa  40.8  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4169  cupin 2 domain-containing protein  35.29 
 
 		 155 aa  40.8  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2596  Acireductone dioxygenase ARD  37.7 
 
 		 165 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332409  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3175  acireductone dioxygenase ARD  33.33 
 
 		 176 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178399  hitchhiker  0.00313013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3867  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.95 
 
 		 145 aa  40.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.468547  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>