30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3304 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3304  signal peptide protein  100 
 
 		 155 aa  310  5.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0282721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3175  Cupin 2 conserved barrel domain protein  65.22 
 
 		 161 aa  191  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.20235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3499  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.6 
 
 		 161 aa  189  8e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.163476 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4417  cupin:cupin region  60.69 
 
 		 155 aa  160  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5012  hypothetical protein  52.41 
 
 		 155 aa  143  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0120588  normal  0.173507 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.72 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.16 
 
 		 294 aa  47.8  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0663795  normal  0.136427 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33680  Protein of unknown function (DUF861)  34.18 
 
 		 147 aa  47  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2610  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 199 aa  44.3  0.0006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3113  cupin 2 domain-containing protein  38.98 
 
 		 174 aa  43.9  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.487782  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0866  cupin 2 domain-containing protein  33.78 
 
 		 333 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.647462  normal  0.208586 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4126  cupin 2 domain-containing protein  32.84 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  31.11 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2852  cupin 2  31.87 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2501  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 135 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.342935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4562  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.9 
 
 		 153 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2121  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.1 
 
 		 121 aa  41.6  0.004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.625862  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1685  cupin 2 domain-containing protein  40.91 
 
 		 141 aa  41.6  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2023  cupin 2 domain-containing protein  38.71 
 
 		 128 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0829  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.83 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  35.29 
 
 		 179 aa  41.6  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4274  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 150 aa  41.2  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.680617 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1662  cupin 2 domain-containing protein  36 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000140317  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2392  cupin 2 domain-containing protein  32.97 
 
 		 140 aa  41.2  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.232938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.9 
 
 		 171 aa  41.2  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1032  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.41 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1009  cupin family protein  30.56 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  28.99 
 
 		 386 aa  40.4  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0147  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.52 
 
 		 141 aa  40  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3543  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 121 aa  40.4  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>