34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3175 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3175  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 161 aa  325  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.20235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3499  Cupin 2 conserved barrel domain protein  98.76 
 
 		 161 aa  321  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.163476 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3304  signal peptide protein  65.84 
 
 		 155 aa  191  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0282721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4417  cupin:cupin region  58.16 
 
 		 155 aa  152  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5012  hypothetical protein  48 
 
 		 155 aa  134  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0120588  normal  0.173507 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.03 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.96 
 
 		 294 aa  47  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0663795  normal  0.136427 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2501  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.342935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0866  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.647462  normal  0.208586 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4562  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.78 
 
 		 153 aa  45.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4126  cupin 2 domain-containing protein  30.99 
 
 		 119 aa  45.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  37.93 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33680  Protein of unknown function (DUF861)  36.23 
 
 		 147 aa  45.1  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2878  N-acetylneuraminic acid synthase domain protein  40.82 
 
 		 497 aa  45.1  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251215  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.82 
 
 		 192 aa  44.3  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1358  cupin 2 domain-containing protein  30.28 
 
 		 119 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.660301  normal  0.0940885 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1662  cupin 2 domain-containing protein  37.04 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000140317  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2685  cupin 2 domain-containing protein  31.52 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.477579  hitchhiker  0.0004758 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1685  cupin 2 domain-containing protein  43.18 
 
 		 141 aa  43.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  38.03 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.9 
 
 		 171 aa  42.7  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8561  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.94 
 
 		 140 aa  43.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853837  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1608  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.74 
 
 		 104 aa  42.4  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00104789  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3638  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.588869  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4274  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.31 
 
 		 150 aa  42  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.680617 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3997  cupin 2 domain-containing protein  37.25 
 
 		 148 aa  41.6  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439431  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1459  hypothetical protein  33.33 
 
 		 332 aa  41.6  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0434689  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2121  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.65 
 
 		 121 aa  41.2  0.006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.625862  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 292 aa  41.2  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.19 
 
 		 149 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.43 
 
 		 122 aa  40.8  0.007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.438384  normal  0.13585 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2392  cupin 2 domain-containing protein  32.88 
 
 		 140 aa  40.4  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.232938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2053  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.58 
 
 		 118 aa  40.4  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3113  cupin 2 domain-containing protein  33.9 
 
 		 174 aa  40.4  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.487782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>