More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2977 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  92.73 
 
 		 328 aa  636    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  687    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  77.12 
 
 		 347 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  76.97 
 
 		 347 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  75.55 
 
 		 347 aa  522  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 327 aa  123  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  29.3 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.16 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  29.64 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 432 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.61 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  30.09 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.48 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  26.85 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 304 aa  116  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 319 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 306 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.16 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.04 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2067  hypothetical protein  28.57 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 306 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2077  hypothetical protein  28.57 
 
 		 304 aa  109  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>