229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1367 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1289 aa  2631    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  28.48 
 
 		 1034 aa  150  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  29.03 
 
 		 1023 aa  148  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  25.47 
 
 		 991 aa  144  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  28.42 
 
 		 1016 aa  142  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  27.72 
 
 		 971 aa  140  1e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  28.63 
 
 		 1022 aa  138  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  26.29 
 
 		 969 aa  136  3e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  27.66 
 
 		 997 aa  134  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  24.27 
 
 		 965 aa  133  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  25.69 
 
 		 1010 aa  132  3e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  27.54 
 
 		 1011 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  26.03 
 
 		 983 aa  131  7.000000000000001e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  27.12 
 
 		 976 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  27.65 
 
 		 999 aa  129  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  27.16 
 
 		 1012 aa  127  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  27.79 
 
 		 905 aa  126  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  26.68 
 
 		 990 aa  126  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1031 aa  126  3e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  25.42 
 
 		 1009 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  25.05 
 
 		 989 aa  122  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  26.85 
 
 		 992 aa  121  7.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  27.05 
 
 		 1023 aa  121  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  25.93 
 
 		 1000 aa  120  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  25.45 
 
 		 985 aa  119  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  26.98 
 
 		 1002 aa  116  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  26.42 
 
 		 1006 aa  115  5e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  23.97 
 
 		 1009 aa  114  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  25.1 
 
 		 1007 aa  114  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  26.81 
 
 		 1039 aa  112  3e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  25.53 
 
 		 1052 aa  110  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  25.85 
 
 		 1087 aa  111  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  25.29 
 
 		 1027 aa  108  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  25.67 
 
 		 1067 aa  107  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  23.82 
 
 		 1085 aa  106  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  26.01 
 
 		 1039 aa  105  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  27.11 
 
 		 1004 aa  105  8e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  22.08 
 
 		 1008 aa  103  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  24.9 
 
 		 984 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  24.73 
 
 		 1035 aa  101  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  24.34 
 
 		 1029 aa  100  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  24.65 
 
 		 1022 aa  98.2  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  24.42 
 
 		 1112 aa  95.9  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  24.95 
 
 		 1041 aa  95.1  9e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  27.19 
 
 		 1073 aa  94.4  1e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  26.81 
 
 		 1033 aa  94.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  23.56 
 
 		 1079 aa  94  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  23.22 
 
 		 1051 aa  94  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  24.95 
 
 		 1078 aa  92  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  25.15 
 
 		 1067 aa  91.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  24.51 
 
 		 1081 aa  90.5  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  25.11 
 
 		 1102 aa  88.6  7e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  25.47 
 
 		 1059 aa  84.3  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  24.34 
 
 		 1069 aa  84  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  23.38 
 
 		 1142 aa  84  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  24.02 
 
 		 1060 aa  82.8  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.53 
 
 		 1031 aa  80.1  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.03 
 
 		 999 aa  79  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.71 
 
 		 981 aa  77.8  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.22 
 
 		 1027 aa  77  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  23.71 
 
 		 1039 aa  76.3  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.43 
 
 		 1087 aa  76.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.61 
 
 		 984 aa  75.9  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.78 
 
 		 1055 aa  75.1  0.000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  25.31 
 
 		 1032 aa  74.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.73 
 
 		 1027 aa  74.3  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.31 
 
 		 1032 aa  74.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.04 
 
 		 1034 aa  73.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.23 
 
 		 1092 aa  73.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.54 
 
 		 967 aa  72.8  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.11 
 
 		 1084 aa  72.4  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.54 
 
 		 967 aa  72.4  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.85 
 
 		 1060 aa  72.4  0.00000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  23.46 
 
 		 1060 aa  72  0.00000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  28.14 
 
 		 1063 aa  72  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.68 
 
 		 986 aa  71.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.11 
 
 		 1023 aa  71.2  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.18 
 
 		 1038 aa  70.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.68 
 
 		 975 aa  70.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.19 
 
 		 1013 aa  68.9  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.54 
 
 		 872 aa  68.9  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  24.82 
 
 		 1041 aa  68.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.05 
 
 		 1015 aa  68.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  23.13 
 
 		 974 aa  67.4  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  23.97 
 
 		 1061 aa  67  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  24.12 
 
 		 1088 aa  66.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.91 
 
 		 1000 aa  65.1  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.67 
 
 		 1063 aa  64.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.71 
 
 		 1000 aa  64.7  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  24.81 
 
 		 1037 aa  63.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.58 
 
 		 1016 aa  63.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.23 
 
 		 1034 aa  63.2  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.78 
 
 		 1025 aa  63.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  23.16 
 
 		 1179 aa  62.8  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.78 
 
 		 1014 aa  62.4  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.66 
 
 		 1039 aa  62.4  0.00000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.31 
 
 		 1097 aa  62.4  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.45 
 
 		 1015 aa  62.4  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.25 
 
 		 1054 aa  62.4  0.00000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  22.44 
 
 		 963 aa  62  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>