299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3053 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.98 
 
 
1015 aa  798    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  40.15 
 
 
989 aa  721    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  41.8 
 
 
1034 aa  778    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.22 
 
 
1014 aa  805    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  74.23 
 
 
1041 aa  1581    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  66.47 
 
 
1031 aa  1409    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1038 aa  2122    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.14 
 
 
1007 aa  757    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  75.68 
 
 
1037 aa  1624    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  43.25 
 
 
1009 aa  744    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  43.36 
 
 
1033 aa  829    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  75.87 
 
 
1037 aa  1624    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.57 
 
 
1016 aa  792    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.76 
 
 
1013 aa  795    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  75.07 
 
 
1038 aa  1578    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.42 
 
 
953 aa  607  9.999999999999999e-173  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.7 
 
 
974 aa  586  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  35.73 
 
 
1294 aa  551  1e-155  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  36.72 
 
 
963 aa  551  1e-155  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  35.31 
 
 
930 aa  506  1e-141  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.47 
 
 
929 aa  504  1e-141  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.47 
 
 
929 aa  504  1e-141  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.53 
 
 
990 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.47 
 
 
989 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  32.67 
 
 
1032 aa  412  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.05 
 
 
990 aa  412  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.26 
 
 
1015 aa  410  1e-113  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.67 
 
 
1032 aa  412  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  35.1 
 
 
872 aa  403  1e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.16 
 
 
984 aa  405  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.54 
 
 
999 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.55 
 
 
1015 aa  392  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.45 
 
 
1025 aa  380  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.94 
 
 
1023 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3450  type I restriction system endonuclease  74.11 
 
 
224 aa  361  3e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  30.18 
 
 
996 aa  318  3e-85  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.23 
 
 
1039 aa  306  2.0000000000000002e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.34 
 
 
1061 aa  300  8e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.07 
 
 
1061 aa  300  9e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.78 
 
 
1077 aa  298  4e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.71 
 
 
1075 aa  295  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.98 
 
 
1076 aa  293  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  32.55 
 
 
1066 aa  292  3e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.26 
 
 
1082 aa  290  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.64 
 
 
1041 aa  288  4e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  31.9 
 
 
1174 aa  281  4e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  30.7 
 
 
1095 aa  271  5e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.06 
 
 
1042 aa  250  8e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  30.91 
 
 
881 aa  228  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.44 
 
 
1030 aa  197  7e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.15 
 
 
1023 aa  191  7e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.35 
 
 
1024 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.93 
 
 
982 aa  183  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.68 
 
 
979 aa  183  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.03 
 
 
1041 aa  177  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.33 
 
 
1027 aa  176  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  26.28 
 
 
1059 aa  175  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.06 
 
 
981 aa  174  9e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.46 
 
 
974 aa  172  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25 
 
 
1012 aa  169  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.17 
 
 
1030 aa  169  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.72 
 
 
1060 aa  166  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.18 
 
 
1053 aa  165  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.57 
 
 
965 aa  162  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.18 
 
 
973 aa  163  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  26.18 
 
 
973 aa  163  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  26.37 
 
 
1051 aa  162  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.24 
 
 
1055 aa  162  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  25.34 
 
 
1033 aa  162  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.27 
 
 
1032 aa  162  4e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.2 
 
 
1070 aa  161  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.36 
 
 
1032 aa  161  6e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.79 
 
 
1034 aa  160  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  26.75 
 
 
1031 aa  159  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.37 
 
 
1027 aa  160  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.4 
 
 
1044 aa  159  3e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.52 
 
 
967 aa  157  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.52 
 
 
967 aa  157  9e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.27 
 
 
1031 aa  157  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.32 
 
 
965 aa  157  1e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.72 
 
 
1084 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.03 
 
 
1042 aa  155  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.08 
 
 
995 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  24.33 
 
 
1041 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.4 
 
 
1038 aa  154  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.07 
 
 
1053 aa  154  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.44 
 
 
1074 aa  153  2e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.78 
 
 
993 aa  153  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.89 
 
 
1052 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.7 
 
 
980 aa  152  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.04 
 
 
974 aa  152  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  25.28 
 
 
984 aa  152  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.34 
 
 
1044 aa  152  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  27.56 
 
 
1042 aa  152  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.84 
 
 
1000 aa  152  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.23 
 
 
1084 aa  150  9e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.39 
 
 
1046 aa  150  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.41 
 
 
1042 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.45 
 
 
920 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  24.64 
 
 
1072 aa  150  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>