299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1093 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.8 
 
 
1345 aa  703    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  70.95 
 
 
982 aa  1408    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  45.9 
 
 
1372 aa  695    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  45.4 
 
 
974 aa  872    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.72 
 
 
980 aa  726    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  52.22 
 
 
981 aa  1090    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  61.23 
 
 
965 aa  1233    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1175  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.93 
 
 
980 aa  716    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.770188  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.23 
 
 
975 aa  837    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  72.42 
 
 
979 aa  1459    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  45.94 
 
 
973 aa  861    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  53.85 
 
 
965 aa  1084    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  45.94 
 
 
973 aa  861    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
974 aa  1990    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.04 
 
 
986 aa  835    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1568  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.41 
 
 
982 aa  717    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0336191  unclonable  0.0000249551 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.47 
 
 
993 aa  485  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.51 
 
 
995 aa  465  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.13 
 
 
1000 aa  459  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  32.53 
 
 
984 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.01 
 
 
1000 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.14 
 
 
984 aa  452  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.02 
 
 
1020 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.37 
 
 
1020 aa  403  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.61 
 
 
1010 aa  354  5.9999999999999994e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  31.17 
 
 
967 aa  351  3e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  31.17 
 
 
967 aa  351  4e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.8 
 
 
1020 aa  348  4e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.74 
 
 
986 aa  339  9.999999999999999e-92  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.72 
 
 
1042 aa  328  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  29.39 
 
 
1059 aa  326  2e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.77 
 
 
1044 aa  323  9.999999999999999e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.66 
 
 
1067 aa  320  7e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.12 
 
 
1012 aa  314  4.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.19 
 
 
1067 aa  310  6.999999999999999e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.19 
 
 
1042 aa  308  3e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.89 
 
 
1111 aa  308  5.0000000000000004e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  29.35 
 
 
1033 aa  303  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.03 
 
 
1003 aa  298  4e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  29.74 
 
 
1061 aa  298  4e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.34 
 
 
1031 aa  297  5e-79  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.92 
 
 
1041 aa  297  8e-79  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.87 
 
 
1006 aa  296  9e-79  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.25 
 
 
1053 aa  296  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  29.71 
 
 
1069 aa  295  4e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  27.68 
 
 
1072 aa  292  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.58 
 
 
1003 aa  291  3e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.32 
 
 
1046 aa  282  2e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.69 
 
 
1044 aa  282  3e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.86 
 
 
1089 aa  282  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.59 
 
 
1060 aa  280  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.08 
 
 
1042 aa  279  2e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.14 
 
 
1029 aa  276  1.0000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  31.89 
 
 
1051 aa  275  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  30.96 
 
 
1076 aa  273  1e-71  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.15 
 
 
1022 aa  273  2e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.15 
 
 
1022 aa  273  2e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  25.51 
 
 
1179 aa  272  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.96 
 
 
1068 aa  267  5.999999999999999e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  29.38 
 
 
1042 aa  267  7e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.72 
 
 
1046 aa  266  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.98 
 
 
1028 aa  265  2e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.67 
 
 
1034 aa  263  8.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.34 
 
 
1087 aa  263  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.87 
 
 
1084 aa  262  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.03 
 
 
1044 aa  261  3e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.27 
 
 
1084 aa  262  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.85 
 
 
1032 aa  261  4e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.55 
 
 
1026 aa  258  3e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.75 
 
 
1070 aa  257  7e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.98 
 
 
1067 aa  257  9e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  30.09 
 
 
1210 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.73 
 
 
1070 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.71 
 
 
1032 aa  254  5.000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  30.14 
 
 
1040 aa  253  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.55 
 
 
1045 aa  252  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.11 
 
 
1040 aa  251  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.28 
 
 
1067 aa  251  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.5 
 
 
1034 aa  251  6e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.61 
 
 
1110 aa  250  8e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.99 
 
 
1074 aa  250  8e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.51 
 
 
1029 aa  249  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.09 
 
 
1075 aa  249  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.9 
 
 
1079 aa  248  4e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.52 
 
 
1046 aa  248  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.94 
 
 
1028 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.61 
 
 
855 aa  245  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.33 
 
 
1053 aa  245  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  29.54 
 
 
1061 aa  245  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.19 
 
 
1045 aa  244  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.44 
 
 
1030 aa  242  2e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.78 
 
 
1035 aa  243  2e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.83 
 
 
1052 aa  242  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.24 
 
 
1044 aa  241  6.999999999999999e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.75 
 
 
1068 aa  239  1e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.53 
 
 
1084 aa  239  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.81 
 
 
1065 aa  238  3e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.63 
 
 
1084 aa  238  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.87 
 
 
1023 aa  238  6e-61  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.39 
 
 
1074 aa  233  2e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>