272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3666 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  55.86 
 
 
1077 aa  967    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  82.47 
 
 
1061 aa  1499    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  94.59 
 
 
1082 aa  1711    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
881 aa  1818    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  97.96 
 
 
1075 aa  1760    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  92.5 
 
 
1061 aa  1642    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  89 
 
 
1076 aa  1603    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  69.24 
 
 
1174 aa  1281    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  53.13 
 
 
1095 aa  909    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  59.6 
 
 
1039 aa  982    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  32.55 
 
 
1066 aa  291  4e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.02 
 
 
872 aa  289  1e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  33.51 
 
 
930 aa  286  9e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.04 
 
 
1015 aa  285  4.0000000000000003e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.16 
 
 
929 aa  276  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.16 
 
 
929 aa  276  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.59 
 
 
984 aa  275  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.77 
 
 
1015 aa  272  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31 
 
 
989 aa  263  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  27.84 
 
 
996 aa  261  4e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.33 
 
 
990 aa  258  3e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  32.47 
 
 
1294 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.81 
 
 
990 aa  249  1e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.42 
 
 
1032 aa  249  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  31.42 
 
 
1032 aa  249  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  30.99 
 
 
963 aa  247  6.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.47 
 
 
1025 aa  243  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.56 
 
 
1041 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  31.87 
 
 
989 aa  234  4.0000000000000004e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.39 
 
 
1014 aa  231  5e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  31.5 
 
 
1031 aa  228  5.0000000000000005e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.53 
 
 
1038 aa  228  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.05 
 
 
953 aa  227  9e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.11 
 
 
1034 aa  226  2e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.61 
 
 
1013 aa  224  4e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.82 
 
 
1016 aa  224  4e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.96 
 
 
1037 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.83 
 
 
974 aa  224  6e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  32.11 
 
 
1037 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.81 
 
 
1041 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.59 
 
 
1042 aa  218  4e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.43 
 
 
1038 aa  218  5e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.6 
 
 
1033 aa  217  9e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.99 
 
 
1015 aa  214  3.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.59 
 
 
1007 aa  213  1e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  30.92 
 
 
1009 aa  201  5e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.32 
 
 
1031 aa  150  9e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.88 
 
 
1023 aa  150  9e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.71 
 
 
1027 aa  150  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.63 
 
 
1055 aa  145  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.79 
 
 
1030 aa  144  9e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  27.68 
 
 
1041 aa  140  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.75 
 
 
1028 aa  139  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.8 
 
 
1027 aa  139  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.91 
 
 
1024 aa  129  3e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.68 
 
 
1054 aa  128  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.4 
 
 
1063 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  24.91 
 
 
1039 aa  126  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.62 
 
 
1038 aa  125  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.08 
 
 
999 aa  125  4e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.05 
 
 
1030 aa  115  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.82 
 
 
1040 aa  113  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.57 
 
 
1023 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.53 
 
 
1044 aa  112  4.0000000000000004e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.53 
 
 
1044 aa  110  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.64 
 
 
993 aa  110  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  25 
 
 
1069 aa  109  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  24.13 
 
 
1059 aa  109  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  24.08 
 
 
1072 aa  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.27 
 
 
986 aa  109  3e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.32 
 
 
1053 aa  107  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.14 
 
 
1010 aa  106  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.98 
 
 
1041 aa  106  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.78 
 
 
1067 aa  105  3e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.58 
 
 
1053 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.45 
 
 
967 aa  105  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.45 
 
 
967 aa  105  4e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.6 
 
 
1087 aa  105  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.64 
 
 
1045 aa  103  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.2 
 
 
1068 aa  103  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.97 
 
 
1084 aa  103  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.4 
 
 
1061 aa  102  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.38 
 
 
1092 aa  102  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.62 
 
 
973 aa  101  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  32.62 
 
 
973 aa  101  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.21 
 
 
974 aa  101  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.18 
 
 
1079 aa  100  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.7 
 
 
981 aa  100  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.34 
 
 
1012 aa  100  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  22.94 
 
 
1035 aa  100  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.63 
 
 
1107 aa  99.8  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.84 
 
 
1111 aa  99.4  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.87 
 
 
1065 aa  98.6  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.2 
 
 
1042 aa  98.2  6e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.3 
 
 
1345 aa  97.4  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.36 
 
 
975 aa  97.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.36 
 
 
986 aa  97.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.47 
 
 
1020 aa  97.1  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.5 
 
 
1006 aa  96.7  2e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.05 
 
 
1372 aa  96.3  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>