259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1217 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  51.39 
 
 
1077 aa  1095    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  51.08 
 
 
1076 aa  1108    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  41.98 
 
 
1079 aa  811    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.8 
 
 
1075 aa  818    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.88 
 
 
1046 aa  970    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.98 
 
 
920 aa  731    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  52.33 
 
 
1068 aa  1101    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.88 
 
 
1067 aa  777    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.6 
 
 
1108 aa  981    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  50.25 
 
 
1421 aa  733    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.6 
 
 
1108 aa  981    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
1065 aa  2198    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  57.83 
 
 
1046 aa  1237    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  47.95 
 
 
1403 aa  716    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.05 
 
 
1029 aa  487  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  32.69 
 
 
1042 aa  466  9.999999999999999e-131  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.63 
 
 
1028 aa  460  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.74 
 
 
1040 aa  462  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  32.19 
 
 
1051 aa  458  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.99 
 
 
1042 aa  458  1e-127  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.66 
 
 
1003 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.52 
 
 
1044 aa  449  1.0000000000000001e-124  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.7 
 
 
1074 aa  443  1e-123  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.59 
 
 
1044 aa  446  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.91 
 
 
1003 aa  446  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.47 
 
 
1068 aa  440  9.999999999999999e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.08 
 
 
1060 aa  439  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.8 
 
 
1032 aa  434  1e-120  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.44 
 
 
1068 aa  431  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.48 
 
 
1045 aa  431  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  37.4 
 
 
1044 aa  430  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.77 
 
 
1022 aa  431  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.08 
 
 
1046 aa  431  1e-119  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.77 
 
 
1022 aa  431  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.19 
 
 
1070 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.7 
 
 
1032 aa  429  1e-118  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.11 
 
 
1053 aa  426  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.63 
 
 
1029 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.5 
 
 
1067 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  35.96 
 
 
1061 aa  422  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.72 
 
 
855 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.16 
 
 
1084 aa  419  9.999999999999999e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.02 
 
 
1085 aa  413  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.3 
 
 
1034 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.16 
 
 
1052 aa  416  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  35.76 
 
 
1210 aa  413  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.88 
 
 
1046 aa  412  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.04 
 
 
1084 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  36.03 
 
 
1040 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  36.32 
 
 
1028 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.9 
 
 
1079 aa  403  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.38 
 
 
1041 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.28 
 
 
1026 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.07 
 
 
1031 aa  398  1e-109  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.47 
 
 
1084 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.97 
 
 
1035 aa  380  1e-104  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.58 
 
 
1061 aa  375  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.47 
 
 
1074 aa  374  1e-102  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.47 
 
 
1012 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.09 
 
 
1072 aa  365  2e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.14 
 
 
1097 aa  362  2e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.84 
 
 
1066 aa  357  5.999999999999999e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  30.89 
 
 
1059 aa  355  2.9999999999999997e-96  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.9 
 
 
1067 aa  346  2e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.21 
 
 
1067 aa  336  2e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.12 
 
 
1010 aa  334  6e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.34 
 
 
967 aa  320  9e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.34 
 
 
967 aa  320  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.26 
 
 
1044 aa  319  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.11 
 
 
1000 aa  313  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.9 
 
 
1042 aa  312  2e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.17 
 
 
993 aa  312  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.15 
 
 
1042 aa  310  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.05 
 
 
995 aa  307  7e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.53 
 
 
1000 aa  306  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4301  hypothetical protein  45.72 
 
 
793 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.355479  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  27.25 
 
 
1033 aa  300  7e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.46 
 
 
1060 aa  295  4e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  30.95 
 
 
1061 aa  293  2e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.37 
 
 
1006 aa  292  3e-77  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.02 
 
 
1072 aa  291  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.81 
 
 
1110 aa  291  6e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.79 
 
 
1053 aa  290  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.34 
 
 
1022 aa  286  1.0000000000000001e-75  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  32 
 
 
984 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32 
 
 
984 aa  285  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.82 
 
 
1111 aa  285  3.0000000000000004e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  26.15 
 
 
1060 aa  285  5.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.79 
 
 
1031 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.79 
 
 
1027 aa  272  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.91 
 
 
1024 aa  271  7e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.97 
 
 
1089 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.99 
 
 
1096 aa  268  5e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.18 
 
 
1054 aa  266  2e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.51 
 
 
1023 aa  265  3e-69  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  26.13 
 
 
1088 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.23 
 
 
1034 aa  265  3e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.31 
 
 
1084 aa  265  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.15 
 
 
1107 aa  262  3e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.1 
 
 
1020 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>