270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2413 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.91 
 
 
1035 aa  677    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.75 
 
 
1079 aa  883    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  49.12 
 
 
1210 aa  723    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  48.62 
 
 
1040 aa  934    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.27 
 
 
1041 aa  752    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.41 
 
 
1097 aa  676    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  44.21 
 
 
1068 aa  882    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  52.65 
 
 
1042 aa  1061    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.73 
 
 
855 aa  732    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  43.65 
 
 
1084 aa  915    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.1 
 
 
1032 aa  966    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.45 
 
 
1072 aa  669    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  40.48 
 
 
1003 aa  750    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  48.9 
 
 
1051 aa  1016    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  52.24 
 
 
1028 aa  1050    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  40.44 
 
 
1003 aa  749    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.15 
 
 
1042 aa  919    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.23 
 
 
1046 aa  900    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.76 
 
 
1067 aa  907    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.46 
 
 
1074 aa  710    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  40.85 
 
 
1085 aa  729    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.27 
 
 
1034 aa  958    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  48.94 
 
 
1028 aa  957    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.9 
 
 
1074 aa  973    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
1022 aa  2096    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  51.02 
 
 
1029 aa  1054    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  50.43 
 
 
1046 aa  1001    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.38 
 
 
1066 aa  677    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  45.5 
 
 
1044 aa  899    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  48.13 
 
 
1044 aa  983    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.95 
 
 
1045 aa  952    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  43.48 
 
 
1084 aa  843    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.52 
 
 
1044 aa  892    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.29 
 
 
1032 aa  969    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.83 
 
 
1040 aa  943    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.81 
 
 
1084 aa  875    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  39.96 
 
 
1068 aa  734    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.52 
 
 
1026 aa  954    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.01 
 
 
1061 aa  671    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.89 
 
 
1052 aa  899    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.03 
 
 
1029 aa  966    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  100 
 
 
1022 aa  2096    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.85 
 
 
1070 aa  932    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.45 
 
 
1060 aa  1006    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  42.97 
 
 
1031 aa  837    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.27 
 
 
1053 aa  912    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  47.8 
 
 
1061 aa  952    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2995  type I site-specific deoxyribonuclease  48.68 
 
 
539 aa  490  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  30.17 
 
 
1060 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.99 
 
 
1060 aa  456  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.46 
 
 
1012 aa  456  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  31.89 
 
 
1088 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.77 
 
 
1065 aa  431  1e-119  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32 
 
 
1046 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.27 
 
 
1010 aa  423  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  30.56 
 
 
1076 aa  416  9.999999999999999e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.17 
 
 
1046 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.68 
 
 
1068 aa  419  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.01 
 
 
1108 aa  416  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.01 
 
 
1108 aa  416  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.09 
 
 
1077 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  30.68 
 
 
1059 aa  405  1e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.07 
 
 
1079 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.29 
 
 
1022 aa  387  1e-106  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.58 
 
 
967 aa  360  7e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.58 
 
 
967 aa  360  7e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.4 
 
 
920 aa  359  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.51 
 
 
1042 aa  355  2e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.05 
 
 
1075 aa  355  2.9999999999999997e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.68 
 
 
1044 aa  350  5e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.17 
 
 
993 aa  349  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.62 
 
 
1067 aa  348  3e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.39 
 
 
1000 aa  338  2.9999999999999997e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.46 
 
 
1053 aa  334  5e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.18 
 
 
1000 aa  333  1e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  32.93 
 
 
1033 aa  331  4e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.33 
 
 
1067 aa  327  5e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.25 
 
 
995 aa  327  9e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.42 
 
 
1072 aa  321  5e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.45 
 
 
1067 aa  321  5e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.53 
 
 
1111 aa  316  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.01 
 
 
1006 aa  311  4e-83  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  31.23 
 
 
1421 aa  301  5e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  32.08 
 
 
984 aa  300  1e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.08 
 
 
984 aa  299  1e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.21 
 
 
1024 aa  299  2e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.4 
 
 
1034 aa  298  4e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.01 
 
 
1089 aa  296  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.38 
 
 
1042 aa  287  7e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.94 
 
 
1403 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  30.23 
 
 
1069 aa  285  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.47 
 
 
1020 aa  279  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.16 
 
 
1070 aa  277  6e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0008  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.93 
 
 
1099 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.41 
 
 
1084 aa  275  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.69 
 
 
1020 aa  274  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.15 
 
 
974 aa  273  2e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.24 
 
 
1023 aa  272  2e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.18 
 
 
1045 aa  272  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.94 
 
 
982 aa  270  8.999999999999999e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>