274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1308 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.09 
 
 
1046 aa  1158    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  100 
 
 
1077 aa  2224    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  49.53 
 
 
1076 aa  1023    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.02 
 
 
920 aa  677    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  41.25 
 
 
1079 aa  770    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.47 
 
 
1075 aa  808    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.6 
 
 
1046 aa  959    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  85.14 
 
 
1068 aa  1891    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.27 
 
 
1067 aa  823    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.06 
 
 
1108 aa  965    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  48.79 
 
 
1403 aa  749    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  51.39 
 
 
1065 aa  1095    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  50.76 
 
 
1421 aa  759    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.06 
 
 
1108 aa  965    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  32.89 
 
 
1042 aa  474  1e-132  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.65 
 
 
1029 aa  473  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.8 
 
 
1042 aa  464  1e-129  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.65 
 
 
1028 aa  466  1e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.27 
 
 
1070 aa  455  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.06 
 
 
1060 aa  449  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  30.82 
 
 
1051 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.83 
 
 
1046 aa  444  1e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.77 
 
 
1044 aa  444  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.83 
 
 
1044 aa  446  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.62 
 
 
1040 aa  438  1e-121  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.27 
 
 
1074 aa  435  1e-120  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  30.6 
 
 
1044 aa  430  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.24 
 
 
1003 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.99 
 
 
1032 aa  430  1e-119  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.81 
 
 
1032 aa  430  1e-119  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.75 
 
 
1053 aa  429  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.53 
 
 
1068 aa  428  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.26 
 
 
1003 aa  425  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.58 
 
 
1079 aa  426  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.35 
 
 
1068 aa  421  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.32 
 
 
1084 aa  419  9.999999999999999e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.89 
 
 
1046 aa  416  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.77 
 
 
1067 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.82 
 
 
1084 aa  416  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.09 
 
 
1022 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  31.09 
 
 
1022 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.41 
 
 
1052 aa  413  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.18 
 
 
1031 aa  407  1.0000000000000001e-112  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.05 
 
 
1041 aa  404  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.83 
 
 
1035 aa  405  1e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  33.98 
 
 
1210 aa  399  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.87 
 
 
1028 aa  392  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.33 
 
 
1029 aa  393  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.87 
 
 
1084 aa  389  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  30.55 
 
 
1061 aa  386  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.78 
 
 
1045 aa  381  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.03 
 
 
1085 aa  382  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.59 
 
 
1034 aa  378  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  30.72 
 
 
1059 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  33.76 
 
 
1040 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.37 
 
 
1010 aa  373  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.41 
 
 
855 aa  373  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.12 
 
 
1026 aa  373  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.13 
 
 
1061 aa  353  7e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.98 
 
 
1074 aa  353  8.999999999999999e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.83 
 
 
1097 aa  349  2e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.73 
 
 
1012 aa  345  2e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.57 
 
 
1066 aa  341  4e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.83 
 
 
1110 aa  336  2e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.6 
 
 
1067 aa  329  2.0000000000000001e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.46 
 
 
1044 aa  319  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.7 
 
 
1072 aa  318  5e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.61 
 
 
1089 aa  311  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.14 
 
 
1042 aa  310  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  29.11 
 
 
984 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.28 
 
 
1067 aa  309  2.0000000000000002e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.12 
 
 
1060 aa  308  5.0000000000000004e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28 
 
 
1042 aa  306  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.42 
 
 
1111 aa  306  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  31.38 
 
 
967 aa  304  5.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  27.99 
 
 
1060 aa  304  5.000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  31.38 
 
 
967 aa  304  5.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.49 
 
 
1053 aa  303  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  27.06 
 
 
1072 aa  302  2e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.07 
 
 
984 aa  302  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  30.78 
 
 
1061 aa  296  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  26.96 
 
 
1033 aa  294  6e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.74 
 
 
993 aa  294  7e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.47 
 
 
1084 aa  293  1e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4301  hypothetical protein  47.02 
 
 
793 aa  289  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.355479  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  27.35 
 
 
1088 aa  288  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.12 
 
 
1031 aa  288  5e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.19 
 
 
1000 aa  287  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.38 
 
 
1006 aa  284  6.000000000000001e-75  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.23 
 
 
1055 aa  283  1e-74  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.45 
 
 
1027 aa  282  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.67 
 
 
1000 aa  278  4e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.94 
 
 
995 aa  276  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  28.6 
 
 
1179 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.1 
 
 
1087 aa  273  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  29.34 
 
 
1069 aa  271  4e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.09 
 
 
1022 aa  271  5e-71  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.64 
 
 
1107 aa  270  2e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.81 
 
 
1020 aa  270  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.76 
 
 
1070 aa  269  2e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>