267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0334 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  42.47 
 
 
1077 aa  808    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  41.13 
 
 
1076 aa  772    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  37 
 
 
1079 aa  660    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1075 aa  2212    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  40.8 
 
 
1065 aa  818    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.5 
 
 
1046 aa  710    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  70.36 
 
 
920 aa  1338    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.57 
 
 
1067 aa  845    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.07 
 
 
1108 aa  661    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.07 
 
 
1108 aa  661    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.34 
 
 
1046 aa  827    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.16 
 
 
1068 aa  786    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  40.74 
 
 
1421 aa  538  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.87 
 
 
1403 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.63 
 
 
1003 aa  429  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.65 
 
 
1042 aa  416  1e-114  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.17 
 
 
1003 aa  412  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.44 
 
 
1028 aa  413  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.93 
 
 
1070 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  32.15 
 
 
1042 aa  407  1.0000000000000001e-112  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.56 
 
 
1029 aa  405  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.77 
 
 
1044 aa  400  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  29.42 
 
 
1051 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.49 
 
 
1046 aa  396  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.82 
 
 
1035 aa  384  1e-105  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.9 
 
 
1060 aa  385  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.15 
 
 
1074 aa  380  1e-104  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.23 
 
 
1040 aa  372  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  34.76 
 
 
1031 aa  371  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.96 
 
 
1034 aa  369  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.06 
 
 
1026 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.29 
 
 
1068 aa  364  4e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  33.08 
 
 
1210 aa  363  1e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.64 
 
 
1032 aa  362  2e-98  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  30.5 
 
 
1061 aa  361  4e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.77 
 
 
1044 aa  360  6e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.62 
 
 
1044 aa  359  9.999999999999999e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.17 
 
 
1053 aa  359  9.999999999999999e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.79 
 
 
1032 aa  359  9.999999999999999e-98  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.52 
 
 
1067 aa  358  2.9999999999999997e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.07 
 
 
1041 aa  357  7.999999999999999e-97  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.7 
 
 
1029 aa  355  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.05 
 
 
1022 aa  355  2.9999999999999997e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.05 
 
 
1022 aa  355  2.9999999999999997e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.85 
 
 
1084 aa  353  7e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  32.42 
 
 
1040 aa  352  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.61 
 
 
1079 aa  352  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.28 
 
 
1068 aa  350  1e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.37 
 
 
855 aa  348  3e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.97 
 
 
1052 aa  347  5e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.38 
 
 
1045 aa  347  8.999999999999999e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.87 
 
 
1028 aa  344  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4301  hypothetical protein  49.13 
 
 
793 aa  344  5.999999999999999e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.355479  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.75 
 
 
1046 aa  340  8e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.17 
 
 
1084 aa  337  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  33.25 
 
 
1059 aa  333  7.000000000000001e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.66 
 
 
1085 aa  332  3e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.15 
 
 
1084 aa  320  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.27 
 
 
1010 aa  318  3e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.13 
 
 
1012 aa  313  9e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.93 
 
 
1067 aa  312  2e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.75 
 
 
967 aa  301  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.75 
 
 
967 aa  301  4e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.47 
 
 
1074 aa  297  8e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.81 
 
 
1066 aa  296  1e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  30.64 
 
 
1060 aa  292  2e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.7 
 
 
1097 aa  292  2e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.23 
 
 
1072 aa  293  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.17 
 
 
1061 aa  292  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.61 
 
 
1067 aa  288  5e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.3 
 
 
1060 aa  287  9e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.48 
 
 
1042 aa  285  3.0000000000000004e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.51 
 
 
1044 aa  285  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.54 
 
 
1030 aa  281  3e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.65 
 
 
1020 aa  280  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.67 
 
 
1023 aa  279  2e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.94 
 
 
1024 aa  270  1e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.29 
 
 
1111 aa  268  2.9999999999999995e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.79 
 
 
1022 aa  268  4e-70  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  30.5 
 
 
1088 aa  268  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  30.62 
 
 
984 aa  268  5e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.3 
 
 
993 aa  268  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.46 
 
 
1020 aa  266  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.33 
 
 
984 aa  266  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.96 
 
 
1072 aa  264  4.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  26.26 
 
 
1033 aa  260  8e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.4 
 
 
1042 aa  260  9e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.2 
 
 
1107 aa  260  1e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.02 
 
 
1053 aa  260  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.88 
 
 
1087 aa  258  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.34 
 
 
1045 aa  256  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.75 
 
 
995 aa  253  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.61 
 
 
1000 aa  252  3e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.14 
 
 
1000 aa  251  5e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.48 
 
 
1096 aa  251  6e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.45 
 
 
1031 aa  250  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.52 
 
 
1089 aa  250  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.04 
 
 
1006 aa  250  1e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.09 
 
 
974 aa  249  3e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.97 
 
 
1034 aa  248  4e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>