296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3424 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.53 
 
 
1020 aa  916    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  97.05 
 
 
984 aa  1982    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  64.77 
 
 
1000 aa  1321    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
984 aa  2032    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.59 
 
 
1020 aa  922    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  64.89 
 
 
995 aa  1338    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  65.16 
 
 
993 aa  1344    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  64.67 
 
 
1000 aa  1335    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.14 
 
 
974 aa  452  1e-125  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.11 
 
 
965 aa  437  1e-121  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.41 
 
 
1010 aa  433  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.13 
 
 
979 aa  424  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.4 
 
 
974 aa  419  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.92 
 
 
981 aa  411  1e-113  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.15 
 
 
1012 aa  411  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.67 
 
 
982 aa  412  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  31.75 
 
 
973 aa  409  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.75 
 
 
973 aa  409  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.4 
 
 
1020 aa  403  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.29 
 
 
975 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.54 
 
 
986 aa  393  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.68 
 
 
965 aa  382  1e-104  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  32.16 
 
 
967 aa  378  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.47 
 
 
986 aa  379  1e-103  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  32.16 
 
 
967 aa  378  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  31.42 
 
 
1059 aa  358  2.9999999999999997e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.81 
 
 
1044 aa  352  2e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.98 
 
 
1042 aa  352  3e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.47 
 
 
1031 aa  348  2e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.74 
 
 
1042 aa  348  3e-94  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.6 
 
 
1053 aa  347  7e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.89 
 
 
980 aa  344  5e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.43 
 
 
1029 aa  338  1.9999999999999998e-91  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.31 
 
 
1372 aa  338  2.9999999999999997e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.14 
 
 
1003 aa  337  5e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.03 
 
 
1345 aa  336  1e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  28.45 
 
 
1033 aa  335  2e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  27.82 
 
 
1072 aa  334  5e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.13 
 
 
1067 aa  332  2e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  34.03 
 
 
1051 aa  332  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.84 
 
 
1035 aa  331  4e-89  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1175  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.61 
 
 
980 aa  331  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.770188  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  33.24 
 
 
1042 aa  330  8e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  32.14 
 
 
1044 aa  328  2.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.09 
 
 
1003 aa  327  5e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1568  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.12 
 
 
982 aa  327  8.000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0336191  unclonable  0.0000249551 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.68 
 
 
1041 aa  327  9e-88  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.39 
 
 
1028 aa  327  9e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.04 
 
 
1046 aa  324  5e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.11 
 
 
1067 aa  323  8e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.37 
 
 
1108 aa  323  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.37 
 
 
1108 aa  323  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.92 
 
 
1006 aa  322  1.9999999999999998e-86  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.46 
 
 
1079 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.8 
 
 
1044 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.22 
 
 
1060 aa  319  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.53 
 
 
1053 aa  315  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  35.75 
 
 
1068 aa  314  3.9999999999999997e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  32.08 
 
 
1076 aa  313  6.999999999999999e-84  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.68 
 
 
1044 aa  312  2e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.36 
 
 
1084 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.23 
 
 
1026 aa  311  4e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.07 
 
 
1032 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.27 
 
 
1074 aa  311  5.9999999999999995e-83  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.99 
 
 
1087 aa  311  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.79 
 
 
1032 aa  310  1.0000000000000001e-82  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.55 
 
 
1046 aa  308  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.79 
 
 
1034 aa  307  8.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  31.17 
 
 
1210 aa  305  4.0000000000000003e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.04 
 
 
1028 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.63 
 
 
1067 aa  303  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.07 
 
 
1077 aa  302  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.03 
 
 
855 aa  303  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.37 
 
 
1070 aa  301  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.09 
 
 
1029 aa  301  5e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  32.08 
 
 
1022 aa  299  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.08 
 
 
1022 aa  299  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  29.44 
 
 
1069 aa  298  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  31.41 
 
 
1061 aa  296  9e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  32.08 
 
 
1040 aa  296  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.36 
 
 
1023 aa  296  2e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.71 
 
 
1084 aa  295  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  26.79 
 
 
1179 aa  295  4e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.99 
 
 
1040 aa  294  5e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.71 
 
 
1052 aa  294  5e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.61 
 
 
1084 aa  294  7e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.56 
 
 
1111 aa  293  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.08 
 
 
1030 aa  292  2e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.49 
 
 
1046 aa  291  4e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.01 
 
 
1045 aa  291  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.66 
 
 
1110 aa  290  1e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.48 
 
 
1068 aa  290  1e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.7 
 
 
1046 aa  288  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32 
 
 
1065 aa  285  3.0000000000000004e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.32 
 
 
1042 aa  283  8.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.69 
 
 
1084 aa  283  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.01 
 
 
1068 aa  282  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.54 
 
 
1096 aa  281  5e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.83 
 
 
1089 aa  280  9e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  28.52 
 
 
1061 aa  278  3e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>