292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0245 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  40.56 
 
 
1039 aa  776    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  48.14 
 
 
1041 aa  983    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.83 
 
 
1031 aa  826    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.27 
 
 
1055 aa  820    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.62 
 
 
1028 aa  827    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  71.84 
 
 
1030 aa  1569    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.83 
 
 
1054 aa  793    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.1 
 
 
1027 aa  839    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.66 
 
 
1027 aa  857    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.71 
 
 
1063 aa  822    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1038 aa  2163    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.33 
 
 
1023 aa  401  9.999999999999999e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.83 
 
 
1024 aa  397  1e-109  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.71 
 
 
1030 aa  387  1e-106  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.87 
 
 
1045 aa  351  5e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  30.01 
 
 
1069 aa  348  3e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.15 
 
 
1070 aa  318  4e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.86 
 
 
1092 aa  317  7e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.53 
 
 
1034 aa  301  5e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.79 
 
 
1096 aa  280  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.91 
 
 
1012 aa  270  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.12 
 
 
1107 aa  263  2e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  31.27 
 
 
1076 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.84 
 
 
1010 aa  255  3e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.68 
 
 
1000 aa  248  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.74 
 
 
1077 aa  244  7e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.89 
 
 
993 aa  243  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.58 
 
 
1065 aa  241  4e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.65 
 
 
967 aa  238  5.0000000000000005e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.65 
 
 
967 aa  237  9e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.56 
 
 
1046 aa  232  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.55 
 
 
1000 aa  232  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.51 
 
 
1068 aa  231  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.22 
 
 
1046 aa  229  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.26 
 
 
1067 aa  226  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  31.3 
 
 
984 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.07 
 
 
1035 aa  221  6e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06807  type I restriction enzyme restriction subunit  33.04 
 
 
654 aa  221  6e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.08 
 
 
995 aa  221  7e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.71 
 
 
1003 aa  221  7e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.21 
 
 
1042 aa  220  1e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.82 
 
 
984 aa  219  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  28.25 
 
 
1022 aa  218  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.25 
 
 
1022 aa  218  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.58 
 
 
1067 aa  218  5e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.01 
 
 
1079 aa  215  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.44 
 
 
986 aa  213  1e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.78 
 
 
1020 aa  213  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.25 
 
 
1020 aa  212  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  25.78 
 
 
1072 aa  211  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.11 
 
 
1068 aa  211  6e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.22 
 
 
1079 aa  211  8e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.29 
 
 
1075 aa  210  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.21 
 
 
1053 aa  210  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.49 
 
 
1067 aa  209  2e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.23 
 
 
1032 aa  209  2e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.72 
 
 
1003 aa  208  6e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.64 
 
 
1044 aa  207  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.32 
 
 
1032 aa  207  7e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.19 
 
 
1053 aa  205  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  26.3 
 
 
1059 aa  205  5e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.03 
 
 
1044 aa  204  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.26 
 
 
1044 aa  204  6e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.95 
 
 
1044 aa  204  8e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.81 
 
 
1074 aa  203  9.999999999999999e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.62 
 
 
1084 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.99 
 
 
1029 aa  202  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25 
 
 
1084 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.53 
 
 
1034 aa  202  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.42 
 
 
1040 aa  202  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  27.12 
 
 
1042 aa  201  6e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.33 
 
 
1028 aa  201  6e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.18 
 
 
1042 aa  201  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.68 
 
 
1074 aa  201  7.999999999999999e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.33 
 
 
1084 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.94 
 
 
974 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  27.39 
 
 
1051 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.12 
 
 
1067 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.3 
 
 
1108 aa  199  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.3 
 
 
1108 aa  199  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.65 
 
 
1045 aa  199  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.25 
 
 
1111 aa  198  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.02 
 
 
1089 aa  198  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.11 
 
 
1066 aa  198  5.000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  25.11 
 
 
1061 aa  198  5.000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.94 
 
 
1060 aa  196  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.18 
 
 
1068 aa  196  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  26.36 
 
 
1031 aa  196  2e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.59 
 
 
1046 aa  196  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.82 
 
 
982 aa  196  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.51 
 
 
1070 aa  196  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.83 
 
 
1026 aa  194  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.34 
 
 
920 aa  194  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.31 
 
 
1061 aa  193  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.07 
 
 
986 aa  193  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.21 
 
 
1029 aa  193  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.12 
 
 
1028 aa  192  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.73 
 
 
1006 aa  191  5.999999999999999e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.53 
 
 
1046 aa  191  5.999999999999999e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.35 
 
 
1084 aa  191  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>