More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3349 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  43.03 
 
 
930 aa  699    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.08 
 
 
929 aa  708    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  51.02 
 
 
1294 aa  972    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  58.57 
 
 
974 aa  1132    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  58.77 
 
 
953 aa  1137    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  100 
 
 
963 aa  1976    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.08 
 
 
929 aa  708    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.32 
 
 
1016 aa  625  1e-177  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.89 
 
 
1013 aa  619  1e-175  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.04 
 
 
1014 aa  610  1e-173  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  39.19 
 
 
1007 aa  595  1e-168  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.95 
 
 
1015 aa  591  1e-167  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  39.87 
 
 
1009 aa  590  1e-167  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.94 
 
 
1034 aa  592  1e-167  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.04 
 
 
1037 aa  588  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  37.86 
 
 
1037 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.32 
 
 
1033 aa  578  1.0000000000000001e-163  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.49 
 
 
1041 aa  568  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  38.05 
 
 
1031 aa  567  1e-160  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  38.22 
 
 
989 aa  565  1.0000000000000001e-159  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.72 
 
 
1038 aa  562  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.06 
 
 
1038 aa  556  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.37 
 
 
1032 aa  511  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  35.37 
 
 
1032 aa  511  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.07 
 
 
984 aa  505  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.44 
 
 
989 aa  506  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  38.3 
 
 
872 aa  500  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.79 
 
 
1015 aa  499  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.6 
 
 
1015 aa  499  1e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.19 
 
 
999 aa  498  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.23 
 
 
990 aa  499  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.28 
 
 
1025 aa  498  1e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.05 
 
 
990 aa  490  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.32 
 
 
1023 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  32.07 
 
 
996 aa  336  1e-90  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  29.67 
 
 
1174 aa  324  5e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.57 
 
 
1077 aa  315  2.9999999999999996e-84  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.74 
 
 
1039 aa  314  5.999999999999999e-84  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.38 
 
 
1061 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.01 
 
 
1075 aa  304  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.57 
 
 
1061 aa  303  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  29.81 
 
 
1095 aa  299  2e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.42 
 
 
1076 aa  298  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.34 
 
 
1082 aa  289  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.32 
 
 
1041 aa  265  2e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  27.58 
 
 
1066 aa  265  2e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.75 
 
 
1042 aa  257  8e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  30.99 
 
 
881 aa  247  9e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.33 
 
 
1024 aa  171  5e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.16 
 
 
1023 aa  171  6e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.88 
 
 
1031 aa  170  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.89 
 
 
1030 aa  169  2.9999999999999998e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.58 
 
 
1020 aa  166  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  25.95 
 
 
1059 aa  164  6e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.65 
 
 
967 aa  163  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.1 
 
 
1055 aa  163  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.65 
 
 
967 aa  163  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.77 
 
 
1012 aa  157  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.73 
 
 
1027 aa  156  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.18 
 
 
1084 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.7 
 
 
1028 aa  153  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.63 
 
 
1044 aa  153  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.2 
 
 
1034 aa  151  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.24 
 
 
1042 aa  151  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.78 
 
 
974 aa  151  7e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.71 
 
 
974 aa  148  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  24.94 
 
 
1051 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.09 
 
 
986 aa  148  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  24.89 
 
 
1033 aa  148  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.71 
 
 
1045 aa  147  8.000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.25 
 
 
975 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.67 
 
 
1030 aa  147  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.32 
 
 
1027 aa  147  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.24 
 
 
1079 aa  146  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.39 
 
 
979 aa  146  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.87 
 
 
1077 aa  145  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  23.65 
 
 
973 aa  145  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.65 
 
 
973 aa  145  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.89 
 
 
1068 aa  144  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.24 
 
 
1040 aa  145  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.76 
 
 
982 aa  144  9e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.72 
 
 
1000 aa  144  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.11 
 
 
981 aa  144  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.5 
 
 
1068 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.25 
 
 
1087 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.74 
 
 
1044 aa  143  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  24.96 
 
 
1039 aa  142  3e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.35 
 
 
1084 aa  142  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.18 
 
 
1079 aa  141  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.4 
 
 
1052 aa  141  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.12 
 
 
1054 aa  141  7e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.22 
 
 
1029 aa  140  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.21 
 
 
1075 aa  139  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.71 
 
 
986 aa  140  2e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.41 
 
 
1092 aa  140  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.83 
 
 
1010 aa  139  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.46 
 
 
1084 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.78 
 
 
1038 aa  139  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.65 
 
 
1070 aa  138  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.85 
 
 
1000 aa  138  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>