232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0194 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  41.12 
 
 		 1081 aa  720    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  41.25 
 
 		 1102 aa  747    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  42.01 
 
 		 1009 aa  653    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  39.14 
 
 		 984 aa  649    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  43.85 
 
 		 1052 aa  792    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  43.03 
 
 		 1063 aa  751    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  40.91 
 
 		 1027 aa  638    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  40.71 
 
 		 1078 aa  698    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  39.13 
 
 		 1085 aa  662    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  52.62 
 
 		 1051 aa  981    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  44.91 
 
 		 1039 aa  824    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  100 
 
 		 1041 aa  2128    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  38.45 
 
 		 1000 aa  656    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  38.88 
 
 		 1079 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  43.09 
 
 		 1067 aa  761    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  40.8 
 
 		 1087 aa  721    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  40.95 
 
 		 1112 aa  738    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  43.3 
 
 		 1060 aa  743    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  43.02 
 
 		 1069 aa  746    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  47.42 
 
 		 1039 aa  858    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  44.62 
 
 		 1035 aa  761    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  43.19 
 
 		 1059 aa  739    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  47.22 
 
 		 1033 aa  826    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  45.2 
 
 		 1073 aa  765    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  51.06 
 
 		 905 aa  830    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  40.71 
 
 		 1007 aa  630  1e-179  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  37.39 
 
 		 1008 aa  617  1e-175  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  41.42 
 
 		 1029 aa  611  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  40.64 
 
 		 1022 aa  593  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  38.81 
 
 		 989 aa  590  1e-167  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  36.46 
 
 		 1012 aa  591  1e-167  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  38.15 
 
 		 985 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  36.99 
 
 		 1142 aa  570  1e-161  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  39.45 
 
 		 1006 aa  565  1.0000000000000001e-159  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  37.11 
 
 		 1004 aa  561  1e-158  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  36.07 
 
 		 971 aa  557  1e-157  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  38.49 
 
 		 992 aa  551  1e-155  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  36.94 
 
 		 1010 aa  544  1e-153  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  35.07 
 
 		 1009 aa  544  1e-153  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  36.54 
 
 		 965 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  36.41 
 
 		 1067 aa  535  1e-150  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  34.79 
 
 		 991 aa  528  1e-148  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  36.43 
 
 		 999 aa  503  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  34.49 
 
 		 990 aa  501  1e-140  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  36.4 
 
 		 997 aa  498  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  34.53 
 
 		 983 aa  493  9.999999999999999e-139  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  34.37 
 
 		 1023 aa  484  1e-135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  34.07 
 
 		 1031 aa  480  1e-134  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  32.17 
 
 		 969 aa  474  1e-132  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  35.48 
 
 		 1011 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  36.39 
 
 		 1016 aa  466  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  34.61 
 
 		 1002 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0160  type I site-specific restriction-modification system, R subunit (helicase)  30.04 
 
 		 1035 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  36.62 
 
 		 976 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  33.53 
 
 		 1034 aa  452  1e-125  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  33.2 
 
 		 1023 aa  448  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  33.47 
 
 		 1022 aa  434  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.66 
 
 		 1067 aa  116  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.73 
 
 		 1044 aa  114  1.0000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  23.85 
 
 		 1061 aa  110  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.31 
 
 		 1092 aa  108  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2224  hypothetical protein  46.15 
 
 		 155 aa  107  9e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0536886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  22.59 
 
 		 1033 aa  107  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0008  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.77 
 
 		 1099 aa  106  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.12 
 
 		 1060 aa  105  3e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.77 
 
 		 1040 aa  105  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  23.31 
 
 		 1042 aa  105  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  25.73 
 
 		 1051 aa  104  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1175  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.78 
 
 		 980 aa  104  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.770188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.49 
 
 		 967 aa  103  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.49 
 
 		 967 aa  103  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  23.5 
 
 		 1060 aa  102  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.34 
 
 		 1020 aa  102  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.23 
 
 		 1067 aa  101  8e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.92 
 
 		 1032 aa  100  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  22.47 
 
 		 1059 aa  100  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.97 
 
 		 1070 aa  101  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.96 
 
 		 974 aa  99.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.01 
 
 		 979 aa  99.8  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.52 
 
 		 1084 aa  99.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.18 
 
 		 981 aa  99.8  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1568  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.44 
 
 		 982 aa  99.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0336191  unclonable  0.0000249551 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.49 
 
 		 1372 aa  99.4  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.92 
 
 		 1032 aa  99  4e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.8 
 
 		 1054 aa  98.6  6e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.32 
 
 		 982 aa  97.8  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.7 
 
 		 1074 aa  97.1  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  25.72 
 
 		 973 aa  97.4  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.72 
 
 		 973 aa  97.4  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.16 
 
 		 1044 aa  97.8  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.69 
 
 		 965 aa  97.4  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.77 
 
 		 1345 aa  97.1  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.34 
 
 		 1035 aa  96.3  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  22.55 
 
 		 1031 aa  96.7  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.12 
 
 		 995 aa  97.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.11 
 
 		 1084 aa  95.5  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.77 
 
 		 1065 aa  95.9  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.2 
 
 		 993 aa  95.5  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  24.95 
 
 		 1289 aa  95.1  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.68 
 
 		 1026 aa  94.7  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>