243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2685 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  39.82 
 
 		 1112 aa  704    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  44.03 
 
 		 1006 aa  766    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  51.99 
 
 		 1027 aa  999    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  40.83 
 
 		 1102 aa  701    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  42.67 
 
 		 965 aa  728    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  40.87 
 
 		 1004 aa  676    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  100 
 
 		 1009 aa  2090    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  42.59 
 
 		 992 aa  701    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  42.17 
 
 		 1063 aa  699    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  40.02 
 
 		 997 aa  642    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  41.65 
 
 		 1039 aa  704    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  42.01 
 
 		 1041 aa  653    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  43.13 
 
 		 989 aa  774    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  41.32 
 
 		 1081 aa  693    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  62.62 
 
 		 1008 aa  1322    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  54.89 
 
 		 1022 aa  1073    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  43.04 
 
 		 984 aa  812    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  41.02 
 
 		 1067 aa  684    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  42.8 
 
 		 905 aa  659    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  44.85 
 
 		 985 aa  733    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  43.16 
 
 		 1012 aa  810    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  54.3 
 
 		 1029 aa  1089    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  40.62 
 
 		 1009 aa  744    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  41.49 
 
 		 1087 aa  693    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  43.59 
 
 		 1067 aa  743    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  41.82 
 
 		 1010 aa  776    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  40.94 
 
 		 1060 aa  700    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  40.65 
 
 		 1069 aa  707    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  44.26 
 
 		 1039 aa  732    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  68.33 
 
 		 1007 aa  1395    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  45.84 
 
 		 1035 aa  828    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  44.85 
 
 		 1052 aa  780    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  42.78 
 
 		 1051 aa  673    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  50.64 
 
 		 1000 aa  996    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  37.98 
 
 		 971 aa  651    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  42 
 
 		 1059 aa  723    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  44.35 
 
 		 1033 aa  702    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  40.21 
 
 		 1078 aa  624  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  38.74 
 
 		 990 aa  616  1e-175  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  41.53 
 
 		 999 aa  617  1e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  39.3 
 
 		 991 aa  617  1e-175  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  38.36 
 
 		 1073 aa  597  1e-169  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  39.55 
 
 		 1079 aa  582  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  37.47 
 
 		 1011 aa  582  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  39.35 
 
 		 1016 aa  573  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  37.02 
 
 		 969 aa  575  1.0000000000000001e-162  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  36.74 
 
 		 1023 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  38.74 
 
 		 1085 aa  570  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  36.16 
 
 		 1031 aa  565  1.0000000000000001e-159  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  38.12 
 
 		 983 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  36.25 
 
 		 1002 aa  562  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  36.64 
 
 		 1022 aa  557  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  41.45 
 
 		 976 aa  554  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  37.34 
 
 		 1023 aa  551  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  35.11 
 
 		 1034 aa  545  1e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  34.52 
 
 		 1142 aa  471  1.0000000000000001e-131  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0160  type I site-specific restriction-modification system, R subunit (helicase)  30.98 
 
 		 1035 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.5 
 
 		 1067 aa  130  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.22 
 
 		 1045 aa  125  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.88 
 
 		 1034 aa  124  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  26.5 
 
 		 1040 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.46 
 
 		 1084 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.59 
 
 		 1026 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  27.56 
 
 		 1061 aa  122  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.22 
 
 		 1028 aa  121  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.53 
 
 		 1031 aa  119  3e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.11 
 
 		 1044 aa  119  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.55 
 
 		 1024 aa  119  3.9999999999999997e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  23.97 
 
 		 1289 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.29 
 
 		 1084 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  25.53 
 
 		 1051 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.02 
 
 		 1029 aa  113  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.94 
 
 		 855 aa  112  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.76 
 
 		 1042 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.53 
 
 		 1029 aa  110  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.5 
 
 		 1042 aa  110  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.89 
 
 		 1074 aa  109  3e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.29 
 
 		 1032 aa  108  4e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.08 
 
 		 1023 aa  108  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  25.86 
 
 		 1210 aa  108  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  23.39 
 
 		 1030 aa  108  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.3 
 
 		 1032 aa  108  6e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.15 
 
 		 1060 aa  106  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.66 
 
 		 1068 aa  105  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.89 
 
 		 1003 aa  105  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.83 
 
 		 1053 aa  105  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  25.46 
 
 		 1061 aa  104  8e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.44 
 
 		 1022 aa  103  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.44 
 
 		 1022 aa  103  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.23 
 
 		 1044 aa  102  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.55 
 
 		 1046 aa  102  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.36 
 
 		 1006 aa  101  7e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.83 
 
 		 1061 aa  101  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.03 
 
 		 1040 aa  101  8e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 		 1072 aa  101  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  24.96 
 
 		 1044 aa  99.8  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.45 
 
 		 1079 aa  100  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.12 
 
 		 1041 aa  100  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24 
 
 		 1052 aa  100  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  24.64 
 
 		 1060 aa  99.4  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>