241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4924 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  39.98 
 
 
1010 aa  696    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  40.1 
 
 
992 aa  645    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  48.83 
 
 
1052 aa  955    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  43.36 
 
 
1102 aa  827    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  41.87 
 
 
1006 aa  645    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  40.95 
 
 
965 aa  665    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  45.84 
 
 
1009 aa  828    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  42.53 
 
 
1063 aa  800    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  43.25 
 
 
1112 aa  837    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  43.6 
 
 
985 aa  701    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  38.12 
 
 
1085 aa  689    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  45.45 
 
 
1039 aa  841    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  43.2 
 
 
1051 aa  747    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  44.62 
 
 
1041 aa  761    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  40.38 
 
 
989 aa  682    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  42.43 
 
 
1008 aa  760    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  37.49 
 
 
1079 aa  662    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  44.57 
 
 
1022 aa  788    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  39.69 
 
 
1004 aa  649    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  40.99 
 
 
1073 aa  688    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  43.96 
 
 
1081 aa  846    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  42.11 
 
 
1067 aa  798    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  43.76 
 
 
1078 aa  637    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  47.13 
 
 
905 aa  777    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  44.44 
 
 
1029 aa  808    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  42.3 
 
 
1087 aa  781    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  40.36 
 
 
1009 aa  704    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  41.95 
 
 
984 aa  743    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  44.63 
 
 
1000 aa  837    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  40.29 
 
 
1012 aa  708    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  42.82 
 
 
1060 aa  813    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  42.44 
 
 
1069 aa  809    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  45.52 
 
 
1039 aa  853    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  46 
 
 
1007 aa  805    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  100 
 
 
1035 aa  2142    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  44.9 
 
 
1027 aa  823    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  43.52 
 
 
1059 aa  835    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  44.85 
 
 
1033 aa  795    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  38.3 
 
 
1067 aa  617  1e-175  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  37.45 
 
 
971 aa  599  1e-170  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  38.85 
 
 
991 aa  582  1.0000000000000001e-165  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  39.58 
 
 
999 aa  561  1e-158  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  39.15 
 
 
997 aa  545  1e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  37.58 
 
 
990 aa  543  1e-153  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0160  type I site-specific restriction-modification system, R subunit (helicase)  33.27 
 
 
1035 aa  542  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  37.64 
 
 
1016 aa  542  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  36.27 
 
 
1002 aa  531  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  35.36 
 
 
1142 aa  531  1e-149  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  37.2 
 
 
969 aa  526  1e-148  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  36.77 
 
 
1034 aa  520  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  38.71 
 
 
1011 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  41.13 
 
 
976 aa  513  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  36.27 
 
 
983 aa  509  9.999999999999999e-143  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  37.64 
 
 
1023 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  36.53 
 
 
1031 aa  499  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  36.74 
 
 
1022 aa  499  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  36.71 
 
 
1023 aa  496  9.999999999999999e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0939  hypothetical protein  41.11 
 
 
313 aa  127  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.702425 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.08 
 
 
1003 aa  122  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.97 
 
 
1067 aa  122  4.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  23.64 
 
 
1023 aa  117  7.999999999999999e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  25.98 
 
 
1051 aa  114  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  22.98 
 
 
1059 aa  113  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.73 
 
 
1035 aa  111  8.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.14 
 
 
1092 aa  110  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.78 
 
 
1003 aa  108  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  22.3 
 
 
1030 aa  105  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.91 
 
 
1042 aa  104  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.13 
 
 
1010 aa  103  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.69 
 
 
1072 aa  104  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.14 
 
 
1067 aa  103  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.71 
 
 
1032 aa  103  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.7 
 
 
1044 aa  102  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.81 
 
 
967 aa  102  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.81 
 
 
967 aa  102  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  24.73 
 
 
1289 aa  101  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24 
 
 
1031 aa  99.4  3e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.83 
 
 
1032 aa  99.4  3e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.89 
 
 
1006 aa  99.4  4e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.46 
 
 
986 aa  97.8  9e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.89 
 
 
1042 aa  97.4  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.99 
 
 
1060 aa  97.4  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  24.96 
 
 
1061 aa  97.1  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  25.25 
 
 
1210 aa  97.1  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.43 
 
 
1074 aa  96.3  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.64 
 
 
1053 aa  97.1  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.86 
 
 
974 aa  96.3  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  23.06 
 
 
1042 aa  96.3  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.61 
 
 
981 aa  95.9  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.07 
 
 
1042 aa  95.5  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.23 
 
 
1022 aa  95.5  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.23 
 
 
1022 aa  95.5  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.19 
 
 
1046 aa  94.7  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.08 
 
 
1060 aa  94.4  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.4 
 
 
855 aa  94  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.29 
 
 
1000 aa  94.4  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.04 
 
 
1034 aa  93.6  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  24.12 
 
 
1061 aa  93.2  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.28 
 
 
1096 aa  93.2  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.02 
 
 
1024 aa  93.2  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>