More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0846 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  488  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  73.21 
 
 		 313 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  64.87 
 
 		 311 aa  352  2.9999999999999997e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  55.56 
 
 		 304 aa  303  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 304 aa  302  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  54.06 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 309 aa  283  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  51.77 
 
 		 303 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 311 aa  281  6.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  51.94 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  52.38 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 303 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  52.9 
 
 		 309 aa  265  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 306 aa  257  9e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 308 aa  254  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 306 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 306 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 306 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 306 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 310 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 308 aa  231  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 320 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 297 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 305 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 318 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  42.8 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 347 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 315 aa  194  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 315 aa  194  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 308 aa  189  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  37.78 
 
 		 311 aa  171  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 342 aa  156  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 326 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 304 aa  153  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 428 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 335 aa  150  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 335 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  39.62 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 360 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 307 aa  148  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 330 aa  148  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  40.09 
 
 		 276 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  145  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 314 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.83 
 
 		 310 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 310 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  33.83 
 
 		 310 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  33.83 
 
 		 310 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  33.83 
 
 		 310 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  33.83 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  33.46 
 
 		 310 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 301 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  31.14 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  32.84 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 300 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 301 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 555 aa  135  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.71 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  33.82 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 320 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 302 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 304 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 302 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 338 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 302 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>