294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3695 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  652    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  75.41 
 
 		 335 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  68.6 
 
 		 331 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  32.72 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  25.67 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  26.67 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.62 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  25.17 
 
 		 287 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  31.49 
 
 		 277 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 		 290 aa  99.4  8e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  29.13 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  30.12 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  25.68 
 
 		 375 aa  97.1  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 284 aa  97.4  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  25.68 
 
 		 303 aa  97.1  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  29.3 
 
 		 296 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  28.06 
 
 		 293 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  29.34 
 
 		 285 aa  96.3  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 286 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 278 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  31.3 
 
 		 284 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 284 aa  93.6  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 284 aa  92.8  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 294 aa  92.8  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  25.9 
 
 		 293 aa  92.8  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 286 aa  92.4  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  28.25 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 284 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  27.49 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 299 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 319 aa  90.1  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  25.76 
 
 		 280 aa  89.4  8e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  29.49 
 
 		 256 aa  87.4  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 284 aa  86.7  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 291 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  26.25 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  30.17 
 
 		 286 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 286 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 286 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  30.64 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  30.64 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.64 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.64 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.64 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.21 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.29 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  25.48 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  25.22 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  29.39 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  24.57 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  29.39 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  29.2 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  29.6 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  30.36 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>