More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1722 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A1722  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
347 aa  689    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5989  extracellular solute-binding protein  64.11 
 
 
324 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3985  extracellular solute-binding protein  63.24 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.394348 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3502  extracellular solute-binding protein  63.24 
 
 
335 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0948  extracellular solute-binding protein family 3  34.75 
 
 
320 aa  172  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.476623  normal  0.138146 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2909  amino acid ABC transporter periplasmic protein  36.23 
 
 
343 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.313507 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1171  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 
283 aa  97.1  5e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.354139  normal  0.436461 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
250 aa  89  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
246 aa  77  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 
276 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
247 aa  75.5  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
257 aa  75.9  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2503  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
283 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2775  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.83 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.550613  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  27.73 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4942  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.997084 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.21 
 
 
244 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  26.07 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.35 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  26.07 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  30.46 
 
 
263 aa  71.6  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  26.07 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.71 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.57 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  26.02 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  26.57 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.57 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.57 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  26.57 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.57 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.57 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.27 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.43 
 
 
266 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 
299 aa  68.9  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
268 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  28.76 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  28.76 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 
281 aa  67.8  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 
249 aa  67.8  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
292 aa  67.8  0.0000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
295 aa  67.4  0.0000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  26.09 
 
 
244 aa  67.4  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1749  putative periplasmic binding protein  28.05 
 
 
253 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.256015 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  27.07 
 
 
265 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1812  hypothetical protein  28.05 
 
 
253 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1524  putative periplasmic binding protein  28.05 
 
 
253 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.240287  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1752  putative periplasmic binding protein  27.24 
 
 
253 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.698745  normal  0.136265 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.78 
 
 
268 aa  66.6  0.0000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.24 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  24.51 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  24.51 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.51 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  25.56 
 
 
266 aa  66.2  0.0000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 
243 aa  66.2  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  25.56 
 
 
243 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1239  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
736 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
270 aa  65.9  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.32 
 
 
243 aa  65.5  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
260 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.6 
 
 
286 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  29.52 
 
 
267 aa  65.5  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  38 
 
 
271 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
260 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.24 
 
 
243 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
260 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  27.71 
 
 
264 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  26.25 
 
 
297 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  28.23 
 
 
319 aa  65.1  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
280 aa  65.1  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.34 
 
 
244 aa  65.1  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  35.29 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0859  amino acid ABC transporter permease  28.57 
 
 
990 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0204986  normal  0.722319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1036  amino acid ABC transporter permease  28.57 
 
 
990 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.328178 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.16 
 
 
258 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.86 
 
 
300 aa  64.7  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  26.15 
 
 
265 aa  64.7  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  25.33 
 
 
273 aa  64.3  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  29.03 
 
 
244 aa  64.3  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37210  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  25.88 
 
 
324 aa  64.3  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.734714  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.42 
 
 
755 aa  64.3  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.64 
 
 
267 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  27.27 
 
 
264 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.51 
 
 
276 aa  64.3  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
282 aa  64.3  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 
260 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  27.27 
 
 
264 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  25.33 
 
 
272 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40.95 
 
 
264 aa  63.9  0.000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  24.21 
 
 
286 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.32 
 
 
243 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.32 
 
 
243 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.32 
 
 
243 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.32 
 
 
243 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
281 aa  63.5  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.32 
 
 
243 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
266 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>