More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2248 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  100 
 
 		 289 aa  548  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  92.04 
 
 		 289 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  92.04 
 
 		 289 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  79.24 
 
 		 287 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  76.9 
 
 		 288 aa  346  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  57.99 
 
 		 288 aa  322  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  56.6 
 
 		 288 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  57.64 
 
 		 288 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  58.48 
 
 		 289 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  61.54 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  59.79 
 
 		 290 aa  301  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  60.84 
 
 		 290 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  59.44 
 
 		 290 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  59.93 
 
 		 311 aa  295  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  58.82 
 
 		 274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.48 
 
 		 289 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 289 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  45.67 
 
 		 288 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  45.67 
 
 		 289 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  43.4 
 
 		 287 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  49.12 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  44.25 
 
 		 287 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  43.06 
 
 		 287 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  43.77 
 
 		 285 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 289 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35 
 
 		 287 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 306 aa  148  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.62 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.14 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.62 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  34.89 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 628 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 306 aa  132  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 286 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.36 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6574  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0310358  normal  0.0403201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.14 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 526 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 524 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4271  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.04 
 
 		 294 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5727  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 308 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6091  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 308 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.754809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  35 
 
 		 524 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.93 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  30.41 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.83 
 
 		 287 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.81 
 
 		 558 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  32.65 
 
 		 543 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>