More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3372 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3372  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  100 
 
 
379 aa  775    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0789991  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3867  hypothetical protein  93.93 
 
 
379 aa  706    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0795964  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3018  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  99.74 
 
 
379 aa  773    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0346  twin-arginine translocation pathway signal  73.85 
 
 
380 aa  556  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.982682  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.24 
 
 
371 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.24 
 
 
371 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2924  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.89 
 
 
387 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.493867 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3365  hypothetical protein  42.47 
 
 
372 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283378  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.97 
 
 
387 aa  303  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.263848  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4950  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.14 
 
 
369 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4051  twin-arginine translocation pathway signal  44.71 
 
 
373 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2892  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.7 
 
 
387 aa  289  6e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323123  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4219  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.08 
 
 
370 aa  287  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0216896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1941  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.64 
 
 
379 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.49323  normal  0.352115 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  35.57 
 
 
363 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.66 
 
 
335 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  35.8 
 
 
361 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.48 
 
 
365 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  34.65 
 
 
363 aa  179  7e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  33.33 
 
 
360 aa  178  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1899  twin-arginine translocation pathway signal  36.29 
 
 
361 aa  177  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126096  normal  0.504906 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.33 
 
 
366 aa  177  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.36 
 
 
361 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.79 
 
 
367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  32.84 
 
 
364 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.32 
 
 
369 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  32.93 
 
 
378 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.07 
 
 
372 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.07 
 
 
400 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.66 
 
 
360 aa  170  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 
325 aa  169  5e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.33 
 
 
366 aa  169  8e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.44 
 
 
400 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.12 
 
 
400 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3641  twin-arginine translocation pathway signal  33.03 
 
 
361 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.312252  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.55 
 
 
364 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.69 
 
 
357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.91 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.24 
 
 
361 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.86 
 
 
371 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.49 
 
 
371 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.01 
 
 
370 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.16 
 
 
360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.52 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.43 
 
 
358 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.24 
 
 
369 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  33.82 
 
 
359 aa  164  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1264  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  34.38 
 
 
361 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.2 
 
 
373 aa  162  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  32.34 
 
 
359 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  32.04 
 
 
359 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.02 
 
 
369 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.82 
 
 
368 aa  160  4e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  33.04 
 
 
363 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.65 
 
 
370 aa  160  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.27 
 
 
360 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.05 
 
 
355 aa  159  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.35 
 
 
360 aa  159  7e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  32.26 
 
 
365 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.44 
 
 
364 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.26 
 
 
365 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.59 
 
 
357 aa  159  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.72 
 
 
364 aa  159  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 
362 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.26 
 
 
359 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.37 
 
 
345 aa  158  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  30.26 
 
 
363 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  30.55 
 
 
351 aa  155  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 
370 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  31.81 
 
 
362 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.44 
 
 
362 aa  154  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  31.21 
 
 
364 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  32.27 
 
 
358 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.67 
 
 
360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 
370 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3397  TRAP transporter - DctP subunit  34.03 
 
 
348 aa  153  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.4 
 
 
367 aa  153  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.49 
 
 
374 aa  152  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.29 
 
 
379 aa  152  8e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  31.73 
 
 
374 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  33.12 
 
 
362 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0339  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.22 
 
 
357 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.76 
 
 
361 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  31.97 
 
 
397 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.54 
 
 
373 aa  150  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.67 
 
 
360 aa  150  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  32.8 
 
 
362 aa  150  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 
359 aa  150  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  32.29 
 
 
379 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  32.03 
 
 
377 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.22 
 
 
368 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.66 
 
 
374 aa  148  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  31.94 
 
 
362 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 
372 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.48 
 
 
372 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  31.17 
 
 
362 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.29 
 
 
387 aa  146  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  30.77 
 
 
360 aa  145  9e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.63 
 
 
363 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>