277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3641 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3641  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
361 aa  740    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.312252  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  44.67 
 
 
364 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.31 
 
 
357 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.54 
 
 
364 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  39.72 
 
 
363 aa  277  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.28 
 
 
374 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.94 
 
 
373 aa  273  4.0000000000000004e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.43 
 
 
366 aa  272  7e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.16 
 
 
370 aa  271  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  39.17 
 
 
378 aa  270  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.14 
 
 
372 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.11 
 
 
369 aa  265  7e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.13 
 
 
360 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.14 
 
 
400 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.14 
 
 
400 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.84 
 
 
400 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.44 
 
 
364 aa  263  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.53 
 
 
371 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.23 
 
 
371 aa  258  8e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.57 
 
 
369 aa  258  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1846  twin-arginine translocation pathway signal  38.61 
 
 
364 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.15 
 
 
360 aa  257  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.95 
 
 
366 aa  257  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.23 
 
 
370 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.77 
 
 
369 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 
370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.25 
 
 
379 aa  253  5.000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.94 
 
 
369 aa  245  8e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.2 
 
 
387 aa  242  6e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.18 
 
 
367 aa  226  4e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 
370 aa  225  8e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 
363 aa  225  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  35.1 
 
 
360 aa  225  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  35.19 
 
 
360 aa  223  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0339  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.59 
 
 
357 aa  223  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  36.54 
 
 
361 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  36.76 
 
 
363 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.39 
 
 
371 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1899  twin-arginine translocation pathway signal  36.09 
 
 
361 aa  219  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126096  normal  0.504906 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  34.32 
 
 
359 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.92 
 
 
360 aa  217  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  33.24 
 
 
362 aa  216  7e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  36.54 
 
 
361 aa  215  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  36.58 
 
 
362 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.29 
 
 
360 aa  211  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  33.62 
 
 
368 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
358 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  36.52 
 
 
361 aa  209  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  33.04 
 
 
360 aa  209  7e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.29 
 
 
365 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  35.69 
 
 
362 aa  208  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.09 
 
 
360 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  35.99 
 
 
362 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.6 
 
 
373 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.02 
 
 
357 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.12 
 
 
363 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.6 
 
 
369 aa  207  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  33.14 
 
 
359 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.8 
 
 
367 aa  206  5e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.47 
 
 
360 aa  206  6e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.2 
 
 
368 aa  206  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34 
 
 
360 aa  206  7e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  35.48 
 
 
362 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.51 
 
 
362 aa  203  3e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  33.63 
 
 
359 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  35 
 
 
356 aa  202  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.78 
 
 
355 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.87 
 
 
364 aa  202  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.86 
 
 
372 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.69 
 
 
368 aa  201  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.15 
 
 
358 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  33.63 
 
 
359 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.68 
 
 
379 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  37.63 
 
 
333 aa  199  5e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.14 
 
 
403 aa  199  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.68 
 
 
379 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.71 
 
 
373 aa  199  7e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.84 
 
 
335 aa  199  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.53 
 
 
360 aa  199  9e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.24 
 
 
403 aa  196  6e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 
372 aa  196  7e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  31.95 
 
 
358 aa  196  7e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  34.54 
 
 
362 aa  195  8.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
360 aa  195  9e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  31.37 
 
 
397 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.43 
 
 
361 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.96 
 
 
361 aa  195  1e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  34.84 
 
 
377 aa  194  2e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  32.21 
 
 
374 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.23 
 
 
359 aa  193  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.8 
 
 
359 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  31.56 
 
 
379 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  32.59 
 
 
363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  33.86 
 
 
372 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2460  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.62 
 
 
369 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.790522  normal  0.16157 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
363 aa  189  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.53 
 
 
365 aa  189  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  32.53 
 
 
365 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>