More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3763 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  100 
 
 
378 aa  781    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.06 
 
 
364 aa  480  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  60.11 
 
 
363 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  59.94 
 
 
369 aa  463  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  61.54 
 
 
400 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  61.54 
 
 
372 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.92 
 
 
400 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  61.23 
 
 
400 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  57.69 
 
 
370 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.62 
 
 
371 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.62 
 
 
371 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.98 
 
 
370 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  54.82 
 
 
370 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.87 
 
 
369 aa  431  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.62 
 
 
366 aa  422  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.68 
 
 
369 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.93 
 
 
374 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50 
 
 
379 aa  404  1e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  58.13 
 
 
369 aa  402  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.46 
 
 
387 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.1 
 
 
366 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.63 
 
 
367 aa  383  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.35 
 
 
360 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.05 
 
 
364 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.92 
 
 
360 aa  344  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.85 
 
 
357 aa  340  2e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  49.85 
 
 
362 aa  337  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.42 
 
 
357 aa  332  8e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.15 
 
 
373 aa  328  9e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.78 
 
 
358 aa  324  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  46.79 
 
 
358 aa  320  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  47.84 
 
 
359 aa  317  2e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.38 
 
 
355 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.73 
 
 
361 aa  313  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  46.6 
 
 
363 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  46.91 
 
 
364 aa  311  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.24 
 
 
368 aa  310  2.9999999999999997e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.2 
 
 
364 aa  310  4e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.75 
 
 
403 aa  309  5e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  45.43 
 
 
401 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.17 
 
 
371 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.94 
 
 
379 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.94 
 
 
379 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  46.13 
 
 
377 aa  302  6.000000000000001e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  40.88 
 
 
364 aa  301  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.41 
 
 
403 aa  299  5e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  43.83 
 
 
360 aa  298  1e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.92 
 
 
367 aa  297  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  43.21 
 
 
370 aa  293  3e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.55 
 
 
361 aa  293  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  40.85 
 
 
351 aa  289  7e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  41.18 
 
 
360 aa  288  1e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  40 
 
 
359 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.1 
 
 
335 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.72 
 
 
359 aa  286  4e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.86 
 
 
361 aa  285  7e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1846  twin-arginine translocation pathway signal  41.93 
 
 
364 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  45 
 
 
333 aa  284  2.0000000000000002e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  42.45 
 
 
402 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  38.23 
 
 
374 aa  282  6.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  42.02 
 
 
372 aa  281  1e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.55 
 
 
360 aa  281  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  38.61 
 
 
359 aa  279  5e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  42.06 
 
 
356 aa  278  9e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  41.12 
 
 
359 aa  278  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.61 
 
 
373 aa  277  2e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  40.24 
 
 
360 aa  276  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  42.64 
 
 
363 aa  273  3e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  39.62 
 
 
362 aa  271  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.08 
 
 
359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  40.31 
 
 
353 aa  270  4e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3641  twin-arginine translocation pathway signal  39.46 
 
 
361 aa  268  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.312252  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.78 
 
 
360 aa  266  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.8 
 
 
360 aa  265  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  39.62 
 
 
358 aa  263  4e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  39.71 
 
 
359 aa  262  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.5 
 
 
360 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.44 
 
 
365 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.63 
 
 
368 aa  260  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  39.25 
 
 
362 aa  260  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  38.63 
 
 
362 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.12 
 
 
365 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  38.01 
 
 
368 aa  259  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.41 
 
 
360 aa  259  6e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.4 
 
 
374 aa  259  8e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.56 
 
 
362 aa  258  9e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  37.81 
 
 
365 aa  258  9e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.88 
 
 
372 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  40.19 
 
 
362 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 
372 aa  258  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  38.46 
 
 
372 aa  257  2e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  39.25 
 
 
362 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  39.25 
 
 
363 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  40.2 
 
 
361 aa  257  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  38.63 
 
 
362 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.02 
 
 
360 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  37.69 
 
 
397 aa  256  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.63 
 
 
363 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.06 
 
 
360 aa  256  6e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  42.55 
 
 
361 aa  256  6e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>