More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0878 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
361 aa  736    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  65.1 
 
 
361 aa  458  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1899  twin-arginine translocation pathway signal  61.84 
 
 
361 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126096  normal  0.504906 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.13 
 
 
373 aa  296  5e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.41 
 
 
357 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  41.27 
 
 
364 aa  272  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1846  twin-arginine translocation pathway signal  41.43 
 
 
364 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.41 
 
 
371 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.17 
 
 
370 aa  256  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  42.55 
 
 
378 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0339  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.95 
 
 
357 aa  256  6e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.11 
 
 
366 aa  255  9e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.8 
 
 
369 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.48 
 
 
369 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.03 
 
 
369 aa  251  2e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 
370 aa  250  3e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  36.62 
 
 
360 aa  249  4e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.92 
 
 
387 aa  248  1e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.97 
 
 
360 aa  247  2e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  38.02 
 
 
360 aa  247  3e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.58 
 
 
403 aa  245  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.08 
 
 
368 aa  244  9.999999999999999e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.61 
 
 
373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.75 
 
 
400 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.26 
 
 
403 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.51 
 
 
372 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.27 
 
 
379 aa  242  7e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.75 
 
 
400 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.56 
 
 
366 aa  242  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.76 
 
 
364 aa  242  9e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.09 
 
 
360 aa  241  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.2 
 
 
364 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.71 
 
 
379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  37.39 
 
 
359 aa  239  4e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.13 
 
 
400 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.71 
 
 
379 aa  238  8e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.73 
 
 
360 aa  238  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.85 
 
 
360 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  38.18 
 
 
363 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.89 
 
 
370 aa  237  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.82 
 
 
371 aa  237  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.69 
 
 
364 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.82 
 
 
371 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.25 
 
 
360 aa  236  7e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  36.54 
 
 
359 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  37.35 
 
 
359 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.68 
 
 
359 aa  233  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  38.03 
 
 
363 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.25 
 
 
361 aa  232  9e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.41 
 
 
374 aa  232  9e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  37.31 
 
 
374 aa  231  2e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.33 
 
 
369 aa  230  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  37.18 
 
 
368 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 
370 aa  229  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 
363 aa  229  5e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.57 
 
 
360 aa  229  7e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.19 
 
 
359 aa  226  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.11 
 
 
360 aa  226  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.51 
 
 
360 aa  226  6e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 
333 aa  225  1e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.42 
 
 
367 aa  224  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  34.28 
 
 
360 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  38.44 
 
 
362 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  37.86 
 
 
362 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  37.46 
 
 
402 aa  223  4e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.58 
 
 
357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  35.41 
 
 
359 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  37.5 
 
 
361 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.24 
 
 
358 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.06 
 
 
363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3641  twin-arginine translocation pathway signal  37.36 
 
 
361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.312252  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.26 
 
 
362 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  37.68 
 
 
356 aa  219  5e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  35.98 
 
 
362 aa  219  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 
362 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.16 
 
 
365 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.23 
 
 
360 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 
358 aa  217  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  35.98 
 
 
362 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.24 
 
 
360 aa  216  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  35.98 
 
 
362 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.56 
 
 
359 aa  216  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  36.01 
 
 
397 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.74 
 
 
360 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  36.33 
 
 
379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  34.87 
 
 
358 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  34.22 
 
 
372 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.45 
 
 
361 aa  214  2.9999999999999995e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 
372 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.75 
 
 
368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  35.24 
 
 
362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.18 
 
 
368 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.56 
 
 
355 aa  212  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.8 
 
 
372 aa  210  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.75 
 
 
368 aa  210  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 
359 aa  209  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.24 
 
 
373 aa  209  7e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.24 
 
 
369 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.11 
 
 
361 aa  205  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.1 
 
 
360 aa  204  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>