More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2873 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
359 aa  733    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  84.96 
 
 
359 aa  627  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  75 
 
 
360 aa  562  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  73.82 
 
 
359 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  74.65 
 
 
359 aa  559  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  71.39 
 
 
360 aa  545  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  69.72 
 
 
360 aa  535  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  74.37 
 
 
359 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  69.64 
 
 
359 aa  519  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  66.67 
 
 
360 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  69.72 
 
 
360 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  66.11 
 
 
360 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  63.89 
 
 
360 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  64.54 
 
 
361 aa  488  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  64.44 
 
 
360 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.28 
 
 
360 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.28 
 
 
360 aa  456  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  55.95 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  54.76 
 
 
379 aa  398  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.51 
 
 
360 aa  401  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.83 
 
 
360 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  51.53 
 
 
368 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.28 
 
 
365 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  52.1 
 
 
362 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.12 
 
 
363 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  50.28 
 
 
363 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.72 
 
 
362 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  50.28 
 
 
365 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  52 
 
 
362 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.56 
 
 
365 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  51.69 
 
 
362 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.15 
 
 
368 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  51.08 
 
 
362 aa  362  4e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  52.62 
 
 
362 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  51.23 
 
 
372 aa  361  8e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  49.72 
 
 
360 aa  361  1e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.41 
 
 
372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.13 
 
 
363 aa  355  7.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.42 
 
 
368 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  49.58 
 
 
356 aa  353  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.7 
 
 
368 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  48.19 
 
 
362 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.32 
 
 
373 aa  354  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.32 
 
 
369 aa  352  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2460  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.7 
 
 
369 aa  348  7e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.790522  normal  0.16157 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.58 
 
 
368 aa  347  2e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  48.06 
 
 
370 aa  346  4e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7131  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.76 
 
 
359 aa  345  6e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.54 
 
 
374 aa  341  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.15 
 
 
373 aa  338  7e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.72 
 
 
359 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104437 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  44.44 
 
 
360 aa  335  5e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.14 
 
 
371 aa  332  6e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0361  extracellular solute-binding protein  48.62 
 
 
317 aa  330  2e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.908183  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  41.98 
 
 
374 aa  327  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.9 
 
 
379 aa  326  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.9 
 
 
379 aa  327  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3764  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.38 
 
 
379 aa  323  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.411475 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.9 
 
 
364 aa  320  3e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  45.92 
 
 
358 aa  319  3.9999999999999996e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.29 
 
 
364 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.78 
 
 
368 aa  313  1.9999999999999998e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.76 
 
 
403 aa  312  4.999999999999999e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.25 
 
 
403 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.02 
 
 
362 aa  298  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  43.07 
 
 
333 aa  288  9e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  42.02 
 
 
402 aa  288  1e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.86 
 
 
369 aa  269  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.55 
 
 
361 aa  269  5e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  42.19 
 
 
363 aa  267  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.38 
 
 
387 aa  267  2e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.9 
 
 
379 aa  263  3e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.9 
 
 
371 aa  262  8e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  40.24 
 
 
378 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.21 
 
 
374 aa  261  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.69 
 
 
370 aa  261  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.11 
 
 
371 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.13 
 
 
367 aa  260  3e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.16 
 
 
400 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.16 
 
 
372 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.85 
 
 
400 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.55 
 
 
400 aa  255  9e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 
370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.1 
 
 
364 aa  251  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.37 
 
 
369 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.25 
 
 
370 aa  249  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.69 
 
 
369 aa  245  9e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.7 
 
 
357 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.79 
 
 
366 aa  242  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.1 
 
 
359 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.24 
 
 
369 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.13 
 
 
355 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  38.1 
 
 
364 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.2 
 
 
360 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.62 
 
 
364 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.65 
 
 
366 aa  230  3e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 
362 aa  229  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1846  twin-arginine translocation pathway signal  35.88 
 
 
364 aa  229  5e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.83 
 
 
367 aa  228  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  38.37 
 
 
358 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>