More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2292 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
357 aa  741    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  79.49 
 
 
358 aa  601  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  83.48 
 
 
362 aa  597  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  66.95 
 
 
361 aa  511  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  69.21 
 
 
355 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  67.34 
 
 
401 aa  501  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  65.91 
 
 
364 aa  494  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  65.9 
 
 
363 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  60.51 
 
 
359 aa  458  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  61.73 
 
 
358 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.86 
 
 
359 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.23 
 
 
361 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  48.99 
 
 
351 aa  370  1e-101  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  50 
 
 
372 aa  358  8e-98  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  49.85 
 
 
372 aa  356  2.9999999999999997e-97  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  48.19 
 
 
353 aa  344  1e-93  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  49.85 
 
 
378 aa  341  1e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  46.15 
 
 
363 aa  323  3e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.85 
 
 
364 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.31 
 
 
366 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.28 
 
 
371 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.17 
 
 
400 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.81 
 
 
369 aa  300  3e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.17 
 
 
372 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.99 
 
 
369 aa  299  5e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.86 
 
 
400 aa  299  6e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.86 
 
 
400 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.67 
 
 
371 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.62 
 
 
374 aa  295  7e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  43.61 
 
 
370 aa  295  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.51 
 
 
367 aa  294  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.24 
 
 
370 aa  294  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.94 
 
 
387 aa  290  3e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.31 
 
 
370 aa  290  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.04 
 
 
369 aa  288  8e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.3 
 
 
364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40 
 
 
379 aa  283  4.0000000000000003e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.38 
 
 
369 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.93 
 
 
366 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.07 
 
 
360 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  40.31 
 
 
377 aa  263  3e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.31 
 
 
368 aa  258  1e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  40.37 
 
 
359 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  40.37 
 
 
359 aa  257  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  40.57 
 
 
356 aa  256  6e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  41.16 
 
 
361 aa  256  6e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  39.02 
 
 
359 aa  256  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.68 
 
 
359 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.37 
 
 
368 aa  252  7e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  41.93 
 
 
397 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 
370 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.9 
 
 
360 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.88 
 
 
365 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.52 
 
 
360 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  38.07 
 
 
360 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  38.8 
 
 
374 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  40.37 
 
 
379 aa  247  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.6 
 
 
364 aa  246  4e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.06 
 
 
359 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.75 
 
 
373 aa  246  6e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.93 
 
 
360 aa  245  6.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.06 
 
 
360 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  39.38 
 
 
360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  38.98 
 
 
359 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.46 
 
 
369 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.39 
 
 
371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  39.2 
 
 
365 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.7 
 
 
373 aa  243  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.2 
 
 
365 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.89 
 
 
403 aa  243  5e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.54 
 
 
360 aa  242  7e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.43 
 
 
360 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  40.68 
 
 
362 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.12 
 
 
360 aa  241  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.92 
 
 
357 aa  240  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  37.35 
 
 
360 aa  239  5.999999999999999e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.85 
 
 
367 aa  239  5.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.81 
 
 
360 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.25 
 
 
360 aa  238  8e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  38.75 
 
 
362 aa  237  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 
372 aa  237  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.97 
 
 
379 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  38.58 
 
 
363 aa  237  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.97 
 
 
379 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  38.04 
 
 
362 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.96 
 
 
363 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2460  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.51 
 
 
369 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.790522  normal  0.16157 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  38.82 
 
 
362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.23 
 
 
361 aa  234  3e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.32 
 
 
403 aa  233  5e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.34 
 
 
363 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  37.58 
 
 
362 aa  231  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.65 
 
 
372 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
363 aa  231  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  35.59 
 
 
358 aa  229  6e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.58 
 
 
373 aa  229  7e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  37.69 
 
 
364 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.78 
 
 
362 aa  226  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  37.42 
 
 
362 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.56 
 
 
374 aa  227  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>