More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3150 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
359 aa  743    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  62.64 
 
 
361 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  62.07 
 
 
358 aa  456  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  58.77 
 
 
401 aa  448  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  62.35 
 
 
357 aa  449  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 
362 aa  444  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  56.91 
 
 
363 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  59.6 
 
 
359 aa  436  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.86 
 
 
355 aa  437  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  55.92 
 
 
364 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.15 
 
 
361 aa  420  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.7 
 
 
358 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  48.27 
 
 
351 aa  362  7.0000000000000005e-99  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  47.91 
 
 
372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  49.24 
 
 
353 aa  348  8e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  47.25 
 
 
372 aa  339  5e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  42.61 
 
 
363 aa  286  4e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  43.29 
 
 
378 aa  285  8e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.25 
 
 
366 aa  275  8e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.94 
 
 
374 aa  270  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40 
 
 
371 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.12 
 
 
370 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.81 
 
 
379 aa  263  3e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.57 
 
 
387 aa  263  4e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.39 
 
 
371 aa  262  6e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.24 
 
 
369 aa  261  8.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.68 
 
 
400 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.02 
 
 
369 aa  261  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.14 
 
 
372 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.36 
 
 
369 aa  260  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.14 
 
 
400 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.56 
 
 
400 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 
370 aa  256  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.81 
 
 
364 aa  255  9e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.25 
 
 
364 aa  253  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37 
 
 
367 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.55 
 
 
360 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  40 
 
 
359 aa  245  9e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.51 
 
 
370 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  36.52 
 
 
360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.65 
 
 
360 aa  243  5e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.15 
 
 
368 aa  242  7e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  40.65 
 
 
377 aa  242  9e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  39.1 
 
 
359 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.25 
 
 
369 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.69 
 
 
371 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.62 
 
 
364 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.07 
 
 
360 aa  239  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  39.07 
 
 
361 aa  238  9e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.61 
 
 
366 aa  237  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.68 
 
 
360 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  38.21 
 
 
359 aa  237  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  39.94 
 
 
359 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.92 
 
 
367 aa  236  4e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  35.59 
 
 
360 aa  235  7e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  38.48 
 
 
363 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  38.9 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.32 
 
 
360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.32 
 
 
360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  38.34 
 
 
397 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.49 
 
 
360 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.98 
 
 
359 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  37.07 
 
 
362 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  34.67 
 
 
374 aa  231  2e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.07 
 
 
359 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.32 
 
 
361 aa  230  3e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  37.07 
 
 
362 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.36 
 
 
360 aa  230  4e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.06 
 
 
365 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.54 
 
 
360 aa  229  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  37.06 
 
 
379 aa  229  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.13 
 
 
403 aa  229  8e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  37.42 
 
 
368 aa  228  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  37.43 
 
 
360 aa  228  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.81 
 
 
369 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.45 
 
 
363 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.21 
 
 
360 aa  226  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  38.04 
 
 
362 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  38.89 
 
 
361 aa  225  9e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.83 
 
 
360 aa  225  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.5 
 
 
373 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  36.76 
 
 
363 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.89 
 
 
403 aa  224  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.07 
 
 
368 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  39.51 
 
 
333 aa  224  3e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.35 
 
 
365 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  36.45 
 
 
362 aa  222  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  35.05 
 
 
365 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.76 
 
 
368 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 
372 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2460  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.58 
 
 
369 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.790522  normal  0.16157 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.76 
 
 
335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.61 
 
 
360 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.76 
 
 
372 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  36.14 
 
 
362 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  36.86 
 
 
361 aa  219  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.29 
 
 
379 aa  219  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  35.06 
 
 
362 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.29 
 
 
379 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  36.03 
 
 
370 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>