More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0892 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
401 aa  843    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  80.77 
 
 
363 aa  630  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  80.27 
 
 
364 aa  622  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  74.01 
 
 
361 aa  568  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  69.69 
 
 
359 aa  531  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  68.07 
 
 
358 aa  519  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  69.3 
 
 
362 aa  501  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  67.05 
 
 
358 aa  499  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  69.76 
 
 
357 aa  497  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  64.77 
 
 
361 aa  490  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.75 
 
 
355 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  58.77 
 
 
359 aa  448  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  50.86 
 
 
372 aa  379  1e-104  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  49.55 
 
 
353 aa  363  3e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  44.47 
 
 
372 aa  353  2.9999999999999997e-96  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  45.85 
 
 
351 aa  347  2e-94  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  45.43 
 
 
378 aa  308  2.0000000000000002e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  43.89 
 
 
363 aa  288  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.31 
 
 
367 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.12 
 
 
366 aa  279  8e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.68 
 
 
400 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.9 
 
 
370 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.91 
 
 
369 aa  276  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.19 
 
 
400 aa  276  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.31 
 
 
374 aa  276  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.06 
 
 
372 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.04 
 
 
379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.89 
 
 
364 aa  273  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.72 
 
 
400 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.16 
 
 
371 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.16 
 
 
370 aa  272  9e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.37 
 
 
387 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.16 
 
 
371 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.76 
 
 
369 aa  272  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.77 
 
 
369 aa  268  2e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 
370 aa  266  5e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.39 
 
 
369 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  39.88 
 
 
377 aa  262  1e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.98 
 
 
364 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.07 
 
 
366 aa  255  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.34 
 
 
360 aa  231  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.92 
 
 
373 aa  231  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.56 
 
 
368 aa  229  5e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.51 
 
 
360 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.01 
 
 
364 aa  226  4e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.12 
 
 
371 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.51 
 
 
367 aa  225  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 
363 aa  225  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  34.63 
 
 
360 aa  225  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.38 
 
 
368 aa  225  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 
370 aa  222  8e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  36.93 
 
 
356 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.17 
 
 
335 aa  222  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  36.91 
 
 
362 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  35.95 
 
 
360 aa  219  7.999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.37 
 
 
365 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.61 
 
 
373 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  34.96 
 
 
360 aa  215  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  36.25 
 
 
397 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  34.28 
 
 
374 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  36.54 
 
 
379 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.15 
 
 
357 aa  213  3.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.54 
 
 
360 aa  213  5.999999999999999e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.36 
 
 
359 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  35.07 
 
 
359 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  36.25 
 
 
365 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  36.89 
 
 
362 aa  211  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  33.91 
 
 
359 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.7 
 
 
361 aa  209  7e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.92 
 
 
365 aa  209  8e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.43 
 
 
360 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.46 
 
 
403 aa  209  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  33.24 
 
 
358 aa  208  1e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  34.68 
 
 
359 aa  208  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.27 
 
 
360 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
372 aa  207  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.83 
 
 
403 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.27 
 
 
360 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.66 
 
 
360 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.86 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.42 
 
 
372 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  34.1 
 
 
359 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  34.85 
 
 
361 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.39 
 
 
360 aa  200  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.28 
 
 
360 aa  199  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.28 
 
 
360 aa  199  6e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  31.99 
 
 
364 aa  199  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  35.09 
 
 
361 aa  199  9e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.36 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  34.7 
 
 
368 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.24 
 
 
360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.16 
 
 
373 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.29 
 
 
360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.2 
 
 
379 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.2 
 
 
379 aa  196  6e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.77 
 
 
369 aa  195  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  34.82 
 
 
361 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.75 
 
 
364 aa  194  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.39 
 
 
362 aa  192  9e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  35.24 
 
 
363 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>