261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0066 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
403 aa  816    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  93.8 
 
 
403 aa  747    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.75 
 
 
379 aa  511  1e-144  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  66.02 
 
 
379 aa  512  1e-144  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  66.77 
 
 
371 aa  493  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.07 
 
 
368 aa  479  1e-134  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  67.37 
 
 
364 aa  475  1e-133  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  71.33 
 
 
333 aa  464  1e-129  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  60.25 
 
 
402 aa  456  1e-127  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  62.69 
 
 
360 aa  434  1e-120  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  52.72 
 
 
374 aa  432  1e-120  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  58.38 
 
 
361 aa  416  9.999999999999999e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  56.42 
 
 
360 aa  404  1e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  57.31 
 
 
356 aa  392  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  48.13 
 
 
370 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  57.32 
 
 
362 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  55.36 
 
 
363 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.79 
 
 
362 aa  375  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  56.4 
 
 
362 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  53.17 
 
 
397 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  55.49 
 
 
362 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.18 
 
 
363 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  55.14 
 
 
362 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  54.57 
 
 
362 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  52.57 
 
 
379 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.71 
 
 
373 aa  366  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.12 
 
 
363 aa  368  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  51.98 
 
 
358 aa  363  2e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.03 
 
 
368 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.03 
 
 
368 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  52.74 
 
 
368 aa  358  8e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  52.89 
 
 
362 aa  355  7.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.85 
 
 
368 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.34 
 
 
372 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  46.9 
 
 
360 aa  339  5e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.69 
 
 
365 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  49.69 
 
 
365 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.1 
 
 
365 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  47.69 
 
 
359 aa  333  4e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.85 
 
 
364 aa  332  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.48 
 
 
359 aa  333  5e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  46.99 
 
 
372 aa  332  6e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  45.66 
 
 
359 aa  330  2e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7131  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.88 
 
 
359 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.38 
 
 
373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.75 
 
 
360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2460  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.78 
 
 
369 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.790522  normal  0.16157 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.38 
 
 
369 aa  326  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.43 
 
 
360 aa  325  6e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  46.63 
 
 
359 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0361  extracellular solute-binding protein  46.53 
 
 
317 aa  323  4e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.908183  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.97 
 
 
374 aa  317  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.56 
 
 
368 aa  316  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.69 
 
 
360 aa  316  6e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  45.27 
 
 
359 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  46.59 
 
 
361 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.16 
 
 
360 aa  311  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.11 
 
 
360 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.53 
 
 
360 aa  308  9e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.31 
 
 
360 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.93 
 
 
369 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.43 
 
 
360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3764  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.24 
 
 
379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.411475 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.97 
 
 
359 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104437 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  44.41 
 
 
378 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.1 
 
 
379 aa  299  5e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.41 
 
 
360 aa  298  9e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.41 
 
 
360 aa  298  9e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.21 
 
 
366 aa  297  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.79 
 
 
359 aa  296  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  45.06 
 
 
363 aa  293  3e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.98 
 
 
370 aa  293  3e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.81 
 
 
360 aa  292  8e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.64 
 
 
367 aa  291  2e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.13 
 
 
366 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.83 
 
 
387 aa  286  5.999999999999999e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.99 
 
 
364 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44 
 
 
369 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.56 
 
 
371 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.59 
 
 
400 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.28 
 
 
371 aa  280  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.9 
 
 
372 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.28 
 
 
362 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.59 
 
 
400 aa  278  8e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.9 
 
 
400 aa  279  8e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.6 
 
 
369 aa  278  8e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.27 
 
 
370 aa  277  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  40.82 
 
 
370 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.1 
 
 
369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.36 
 
 
374 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.45 
 
 
364 aa  257  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.72 
 
 
360 aa  257  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.19 
 
 
357 aa  256  4e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.74 
 
 
367 aa  253  3e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  42.26 
 
 
361 aa  242  7e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 
363 aa  242  7e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  38.44 
 
 
377 aa  239  8e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.32 
 
 
357 aa  234  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.48 
 
 
360 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>