More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4515 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
360 aa  735    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  77.97 
 
 
364 aa  570  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  58.79 
 
 
366 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.86 
 
 
369 aa  421  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.08 
 
 
364 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  55.08 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  57.44 
 
 
366 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.74 
 
 
370 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.32 
 
 
370 aa  402  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.44 
 
 
400 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  53.17 
 
 
372 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  52.49 
 
 
370 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  55.46 
 
 
369 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.97 
 
 
369 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.65 
 
 
371 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  53.35 
 
 
378 aa  385  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.1 
 
 
400 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  56.1 
 
 
400 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.35 
 
 
371 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.39 
 
 
374 aa  361  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  51.78 
 
 
360 aa  352  5.9999999999999994e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  54.15 
 
 
369 aa  351  1e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.81 
 
 
379 aa  341  9e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.27 
 
 
387 aa  338  9.999999999999999e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.2 
 
 
367 aa  335  9e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.05 
 
 
373 aa  314  9.999999999999999e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.68 
 
 
357 aa  309  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.62 
 
 
367 aa  301  1e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  45.73 
 
 
364 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  46.35 
 
 
363 aa  288  1e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  43.96 
 
 
370 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.65 
 
 
364 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.31 
 
 
371 aa  282  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1846  twin-arginine translocation pathway signal  45.65 
 
 
364 aa  276  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.31 
 
 
335 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.32 
 
 
368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  41.74 
 
 
374 aa  273  5.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.73 
 
 
379 aa  268  8.999999999999999e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.73 
 
 
379 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.81 
 
 
373 aa  265  7e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.14 
 
 
357 aa  265  8e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  41.04 
 
 
377 aa  265  8.999999999999999e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3641  twin-arginine translocation pathway signal  45.13 
 
 
361 aa  265  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.312252  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  42.59 
 
 
360 aa  263  4.999999999999999e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.94 
 
 
355 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  40.74 
 
 
360 aa  262  6.999999999999999e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  39.88 
 
 
372 aa  261  1e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.22 
 
 
403 aa  259  4e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 
362 aa  259  6e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.89 
 
 
358 aa  257  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.67 
 
 
360 aa  255  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  37.58 
 
 
362 aa  255  8e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  43 
 
 
359 aa  255  8e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  42.35 
 
 
361 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.26 
 
 
360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.25 
 
 
403 aa  253  3e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  42.48 
 
 
359 aa  253  5.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  44.37 
 
 
333 aa  252  7e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.07 
 
 
361 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  43.46 
 
 
360 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  40.69 
 
 
358 aa  250  2e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  41.38 
 
 
360 aa  250  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 
358 aa  250  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.88 
 
 
360 aa  250  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  39.87 
 
 
362 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.75 
 
 
365 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  39.5 
 
 
363 aa  247  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  36.39 
 
 
351 aa  246  4.9999999999999997e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  40.2 
 
 
362 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  41.51 
 
 
402 aa  245  8e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0339  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.63 
 
 
357 aa  245  8e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.85 
 
 
362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.81 
 
 
368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.02 
 
 
361 aa  244  1.9999999999999999e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.54 
 
 
363 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  38.26 
 
 
362 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
359 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  37.03 
 
 
372 aa  243  3.9999999999999997e-63  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  37.58 
 
 
353 aa  242  7e-63  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  41.19 
 
 
356 aa  242  7.999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  38.76 
 
 
359 aa  242  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.62 
 
 
363 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.54 
 
 
365 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  38.89 
 
 
362 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.24 
 
 
368 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  39.22 
 
 
365 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.37 
 
 
360 aa  239  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.24 
 
 
368 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  37.97 
 
 
368 aa  239  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.29 
 
 
361 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1815  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.78 
 
 
344 aa  238  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.74 
 
 
360 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.74 
 
 
360 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.5 
 
 
360 aa  237  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.4 
 
 
374 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0878  twin-arginine translocation pathway signal  42.25 
 
 
361 aa  236  7e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  40.2 
 
 
359 aa  235  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.22 
 
 
359 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.3 
 
 
360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  42.14 
 
 
361 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>