More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4950 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4950  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
369 aa  761    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4051  twin-arginine translocation pathway signal  87.06 
 
 
373 aa  651    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3365  hypothetical protein  80.91 
 
 
372 aa  635    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283378  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  78.98 
 
 
371 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  78.98 
 
 
371 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2924  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  71.24 
 
 
387 aa  555  1e-157  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.493867 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  73.21 
 
 
387 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.263848  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4219  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  68.38 
 
 
370 aa  523  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0216896 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2892  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  69.75 
 
 
387 aa  502  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323123  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1941  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  63.91 
 
 
379 aa  491  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.49323  normal  0.352115 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3867  hypothetical protein  44.48 
 
 
379 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0795964  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3018  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  45.09 
 
 
379 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3372  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  44.8 
 
 
379 aa  299  5e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0789991  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0346  twin-arginine translocation pathway signal  42.47 
 
 
380 aa  296  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.982682  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.79 
 
 
360 aa  186  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  33.8 
 
 
363 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.52 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.18 
 
 
335 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.43 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  32.91 
 
 
362 aa  176  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  32.83 
 
 
359 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  31.82 
 
 
372 aa  168  2e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35 
 
 
367 aa  167  4e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.81 
 
 
364 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  32.17 
 
 
360 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.97 
 
 
371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  32.59 
 
 
362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.83 
 
 
360 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  31.4 
 
 
358 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.3 
 
 
370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.25 
 
 
366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  32.7 
 
 
363 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  29.94 
 
 
360 aa  162  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.14 
 
 
365 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  32 
 
 
362 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.44 
 
 
368 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.05 
 
 
360 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  31.29 
 
 
356 aa  160  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.91 
 
 
364 aa  160  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.97 
 
 
367 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  32 
 
 
362 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.16 
 
 
369 aa  160  4e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.86 
 
 
361 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.26 
 
 
360 aa  159  7e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  32.55 
 
 
325 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  31.78 
 
 
359 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  32.91 
 
 
378 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  31.58 
 
 
359 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.97 
 
 
372 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
370 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.37 
 
 
360 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.38 
 
 
400 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.55 
 
 
345 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.28 
 
 
369 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.09 
 
 
369 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.86 
 
 
360 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.23 
 
 
361 aa  157  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.66 
 
 
400 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3651  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.72 
 
 
351 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0498583 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  32.21 
 
 
351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.46 
 
 
371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
370 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.75 
 
 
400 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.95 
 
 
366 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.75 
 
 
379 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  30.75 
 
 
368 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.13 
 
 
371 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.88 
 
 
358 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.75 
 
 
379 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.34 
 
 
373 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.43 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.18 
 
 
373 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  30.84 
 
 
362 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.03 
 
 
368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.76 
 
 
374 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  29.31 
 
 
360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.52 
 
 
360 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 
362 aa  153  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  29.97 
 
 
353 aa  152  7e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.14 
 
 
369 aa  152  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  30.16 
 
 
379 aa  152  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  30.99 
 
 
372 aa  152  1e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.14 
 
 
362 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.48 
 
 
364 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.56 
 
 
360 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.07 
 
 
360 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.73 
 
 
359 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.37 
 
 
387 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.07 
 
 
360 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.39 
 
 
368 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  28.83 
 
 
363 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  29.71 
 
 
362 aa  150  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  29.84 
 
 
397 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  29.75 
 
 
365 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.75 
 
 
365 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.17 
 
 
360 aa  149  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.35 
 
 
369 aa  149  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
359 aa  149  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.83 
 
 
361 aa  149  9e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>