More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3133 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
371 aa  763    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
371 aa  763    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4950  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  78.98 
 
 
369 aa  594  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3365  hypothetical protein  73.8 
 
 
372 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283378  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4051  twin-arginine translocation pathway signal  76.94 
 
 
373 aa  570  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2924  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  71.16 
 
 
387 aa  562  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.493867 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  71.8 
 
 
387 aa  526  1e-148  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.263848  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2892  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  71.1 
 
 
387 aa  509  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323123  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4219  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.86 
 
 
370 aa  510  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0216896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1941  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.98 
 
 
379 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.49323  normal  0.352115 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3867  hypothetical protein  45.45 
 
 
379 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0795964  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0346  twin-arginine translocation pathway signal  44.93 
 
 
380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.982682  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3018  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.87 
 
 
379 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3372  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  44.57 
 
 
379 aa  311  9e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0789991  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.64 
 
 
335 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 
363 aa  189  9e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  35.88 
 
 
325 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.43 
 
 
367 aa  176  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  34.85 
 
 
364 aa  173  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  33.97 
 
 
362 aa  173  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.16 
 
 
360 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.91 
 
 
360 aa  170  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  33.82 
 
 
360 aa  170  4e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.63 
 
 
366 aa  169  5e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.28 
 
 
360 aa  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.96 
 
 
360 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.01 
 
 
369 aa  168  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.82 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  33.83 
 
 
363 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  33.61 
 
 
358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.36 
 
 
365 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  30.11 
 
 
359 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.91 
 
 
360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  34.17 
 
 
362 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  31.16 
 
 
360 aa  162  6e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.91 
 
 
364 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.06 
 
 
345 aa  162  9e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  33.89 
 
 
362 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  30.95 
 
 
362 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.4 
 
 
366 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.42 
 
 
367 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3397  TRAP transporter - DctP subunit  32.8 
 
 
348 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3651  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.32 
 
 
351 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0498583 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  30.4 
 
 
378 aa  159  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  31.71 
 
 
365 aa  159  9e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.83 
 
 
360 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  30.64 
 
 
363 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.61 
 
 
365 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.75 
 
 
360 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  33.14 
 
 
362 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.05 
 
 
362 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.73 
 
 
360 aa  156  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.73 
 
 
360 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.97 
 
 
361 aa  157  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.58 
 
 
364 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.5 
 
 
370 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  32.85 
 
 
356 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.82 
 
 
364 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.44 
 
 
363 aa  156  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.89 
 
 
360 aa  155  9e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  29.83 
 
 
359 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  30.11 
 
 
359 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.79 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.03 
 
 
368 aa  153  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.91 
 
 
369 aa  153  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
370 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.97 
 
 
361 aa  153  5e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.82 
 
 
374 aa  153  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1815  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.4 
 
 
344 aa  153  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.2 
 
 
369 aa  152  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.91 
 
 
371 aa  152  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  30.26 
 
 
364 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.52 
 
 
379 aa  152  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  29.36 
 
 
363 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.48 
 
 
370 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.44 
 
 
373 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.841176  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.49 
 
 
359 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  31.41 
 
 
359 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.25 
 
 
379 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.34 
 
 
368 aa  151  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.88 
 
 
358 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  29.75 
 
 
377 aa  150  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3641  twin-arginine translocation pathway signal  31.23 
 
 
361 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.312252  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  28.66 
 
 
372 aa  150  4e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  31.86 
 
 
362 aa  150  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.03 
 
 
372 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
372 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  29.89 
 
 
374 aa  149  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.75 
 
 
361 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.23 
 
 
368 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1264  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
354 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  30.39 
 
 
361 aa  149  8e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.71 
 
 
400 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30 
 
 
400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  29.55 
 
 
402 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  30.72 
 
 
379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.7 
 
 
360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.94 
 
 
372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3396  twin-arginine translocation pathway signal  32.01 
 
 
397 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485475  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
359 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>