More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4219 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4219  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
370 aa  760    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0216896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1941  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  72.38 
 
 
379 aa  550  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.49323  normal  0.352115 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3365  hypothetical protein  70.89 
 
 
372 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283378  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2924  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  70.6 
 
 
387 aa  533  1e-150  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.493867 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  67.12 
 
 
371 aa  521  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4950  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  68.92 
 
 
369 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  67.12 
 
 
371 aa  521  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4051  twin-arginine translocation pathway signal  69.65 
 
 
373 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.68 
 
 
387 aa  494  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.263848  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2892  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  66.13 
 
 
387 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323123  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3867  hypothetical protein  41.8 
 
 
379 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0795964  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0346  twin-arginine translocation pathway signal  42.86 
 
 
380 aa  293  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.982682  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3018  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.53 
 
 
379 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3372  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  41.26 
 
 
379 aa  286  4e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0789991  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 
363 aa  179  7e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.92 
 
 
335 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 
370 aa  176  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.56 
 
 
369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.23 
 
 
360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  31.55 
 
 
378 aa  173  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.31 
 
 
371 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.79 
 
 
360 aa  166  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.43 
 
 
360 aa  167  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  35 
 
 
364 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.14 
 
 
366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  32.12 
 
 
325 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.06 
 
 
360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.61 
 
 
365 aa  163  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
362 aa  162  8.000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.52 
 
 
360 aa  162  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3651  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.8 
 
 
351 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0498583 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.44 
 
 
364 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30 
 
 
367 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.8 
 
 
366 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.34 
 
 
360 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.24 
 
 
360 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  33.33 
 
 
360 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  32.86 
 
 
363 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  31.06 
 
 
372 aa  159  7e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.2 
 
 
364 aa  159  8e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  31.01 
 
 
359 aa  158  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.68 
 
 
373 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.02 
 
 
369 aa  156  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.03 
 
 
367 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.56 
 
 
369 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.27 
 
 
359 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  31.27 
 
 
353 aa  153  5e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.75 
 
 
360 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.5 
 
 
372 aa  152  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  29.59 
 
 
359 aa  152  8.999999999999999e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.21 
 
 
372 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  28.42 
 
 
363 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.77 
 
 
361 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  30.11 
 
 
360 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.18 
 
 
359 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  31.46 
 
 
372 aa  151  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.45 
 
 
400 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.28 
 
 
400 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.23 
 
 
368 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  30.51 
 
 
362 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.89 
 
 
374 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.82 
 
 
400 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.25 
 
 
368 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.9 
 
 
365 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.32 
 
 
361 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.94 
 
 
373 aa  149  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  28.86 
 
 
360 aa  149  6e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.22 
 
 
371 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  31.6 
 
 
365 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  31.36 
 
 
362 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  31.64 
 
 
362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 
401 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.72 
 
 
364 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.09 
 
 
360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  30.95 
 
 
358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.92 
 
 
371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  30.38 
 
 
402 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.53 
 
 
370 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  31.61 
 
 
356 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.75 
 
 
345 aa  147  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
359 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1354  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  29.82 
 
 
372 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000150608  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  31.02 
 
 
351 aa  146  6e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  31.34 
 
 
368 aa  146  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
370 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  31.92 
 
 
359 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.16 
 
 
379 aa  145  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.48 
 
 
360 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.42 
 
 
379 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.42 
 
 
379 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.97 
 
 
370 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.61 
 
 
361 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
362 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  29.19 
 
 
361 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.77 
 
 
360 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  28.7 
 
 
364 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.28 
 
 
361 aa  144  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.57 
 
 
359 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.7 
 
 
355 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  28.7 
 
 
359 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>