283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1971 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  100 
 
 
325 aa  668    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1264  extracellular solute-binding protein  60.8 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3397  TRAP transporter - DctP subunit  60.57 
 
 
348 aa  403  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3651  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  52.04 
 
 
351 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0498583 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2600  Extracellular solute-binding protein  49.23 
 
 
423 aa  311  9e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.248833  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  48.76 
 
 
350 aa  311  1e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.150064  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.1 
 
 
361 aa  290  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1815  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  42.07 
 
 
344 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.09 
 
 
345 aa  237  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.78 
 
 
366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  40.74 
 
 
378 aa  229  4e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  40.13 
 
 
363 aa  222  6e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.12 
 
 
370 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.74 
 
 
364 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.34 
 
 
367 aa  220  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1560  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.01 
 
 
373 aa  218  7.999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198541  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  40.67 
 
 
363 aa  215  7e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.39 
 
 
360 aa  215  7e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.72 
 
 
366 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.4 
 
 
364 aa  212  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.59 
 
 
369 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40.13 
 
 
369 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  37.97 
 
 
370 aa  209  6e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  39.93 
 
 
374 aa  206  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.66 
 
 
369 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.9 
 
 
364 aa  204  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2882  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.36 
 
 
357 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000710816 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.42 
 
 
372 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.42 
 
 
400 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  40 
 
 
367 aa  200  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1067  twin-arginine translocation pathway signal  35.97 
 
 
377 aa  200  3e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2343  hypothetical protein  36.69 
 
 
361 aa  200  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.264147 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2999  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.54 
 
 
379 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3120  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.54 
 
 
379 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0172761  normal  0.942467 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  36.22 
 
 
359 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.09 
 
 
400 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.69 
 
 
361 aa  199  5e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.28 
 
 
368 aa  199  6e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.28 
 
 
369 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.67 
 
 
371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.09 
 
 
400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  36.19 
 
 
372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.31 
 
 
379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.33 
 
 
371 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.33 
 
 
370 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 
370 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.46 
 
 
403 aa  193  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.88 
 
 
387 aa  192  5e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0339  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.02 
 
 
357 aa  192  5e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.8 
 
 
360 aa  192  8e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.87 
 
 
360 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  38.46 
 
 
360 aa  192  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  37.42 
 
 
360 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 
362 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  33.89 
 
 
365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.67 
 
 
368 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.45 
 
 
371 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.89 
 
 
365 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 
333 aa  189  5e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.67 
 
 
368 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  35.28 
 
 
351 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0066  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.82 
 
 
403 aa  189  8e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000558926  hitchhiker  0.00313159 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  32.99 
 
 
360 aa  187  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.23 
 
 
365 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  32.28 
 
 
363 aa  185  9e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  34.01 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  34.16 
 
 
358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.76 
 
 
357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  33.22 
 
 
374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  34.03 
 
 
360 aa  183  3e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.59 
 
 
360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1846  twin-arginine translocation pathway signal  38.26 
 
 
364 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.23 
 
 
374 aa  182  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  33.67 
 
 
362 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.7 
 
 
360 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  35.81 
 
 
361 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.65 
 
 
363 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.65 
 
 
360 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.88 
 
 
371 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  35.93 
 
 
359 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.65 
 
 
360 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  32.99 
 
 
362 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  35.25 
 
 
360 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.29 
 
 
335 aa  180  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  35.88 
 
 
371 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
363 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.76 
 
 
361 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  33.22 
 
 
358 aa  180  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  36.27 
 
 
356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.44 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.65 
 
 
362 aa  179  5.999999999999999e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3641  twin-arginine translocation pathway signal  33.02 
 
 
361 aa  179  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.312252  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  33.67 
 
 
362 aa  179  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0040  putative extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
359 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  32.65 
 
 
362 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  32.42 
 
 
362 aa  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3543  twin-arginine translocation pathway signal  34.24 
 
 
379 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.568783  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  33.22 
 
 
368 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.54 
 
 
361 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639602  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  34.92 
 
 
359 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>