More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2053 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2053  RarD family protein  100 
 
 		 301 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.163977  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4940  hypothetical protein  68.21 
 
 		 304 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.234076  normal  0.439093 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1169  hypothetical protein  42.28 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2716  hypothetical protein  41.61 
 
 		 329 aa  192  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.596336  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.39 
 
 		 305 aa  95.5  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  27.33 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.63 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1600  drug/metabolite exporter (DME) family protein  29.69 
 
 		 310 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  30.89 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  26.16 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  26.82 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4162  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.67 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0255  hypothetical protein  29.35 
 
 		 310 aa  85.9  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  27.24 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.18 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  25.58 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  27.91 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  28.47 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  27.94 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0573  hypothetical protein  24.45 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  25.71 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  26.8 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  28.42 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.44 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  25.78 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  24.76 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  28.57 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.62 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  27.47 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  26.71 
 
 		 281 aa  77.8  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  26.69 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  26.21 
 
 		 333 aa  76.6  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  23.33 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07041  integral membrane protein, DUF6  26.06 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0828931  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.18 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  27.62 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  27.62 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06569  hypothetical protein  27.03 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.87 
 
 		 313 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0929  hypothetical protein  26.57 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0374563 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  26.88 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  23.67 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  27.15 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  23.33 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  25.17 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  25.93 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1296  hypothetical protein  27.03 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00760  hypothetical protein  30.5 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  26.57 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  27.14 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.99 
 
 		 325 aa  72.4  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  25.89 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0408  integral membrane protein  28.47 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00379615  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  26.25 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63910  hypothetical protein  26.99 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  25.58 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  26.64 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  22.67 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  27.4 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  25.93 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0341  hypothetical protein  25.93 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.514286 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  24.46 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  25.51 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  25.55 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0355  hypothetical protein  25.93 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  24.92 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  25.34 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  26.16 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.67 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2143  drug/metabolite exporter family protein  27.43 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000798469  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.39 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0427978  normal  0.17643 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1038  hypothetical protein  28.44 
 
 		 289 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  24.09 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  25.34 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  24.31 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1998  hypothetical protein  29.39 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.746729  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2071  hypothetical protein  26.33 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1983  hypothetical protein  28.95 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  25.17 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2046  hypothetical protein  28.95 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.782897  normal  0.0300532 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0129  hypothetical protein  27.1 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.31523  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0400  hypothetical protein  25 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0570  hypothetical protein  29.37 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  24.41 
 
 		 320 aa  65.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  27.96 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  21.83 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2502  hypothetical protein  29.19 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1335  hypothetical protein  27.5 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.83359  hitchhiker  0.000108954 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3812  hypothetical protein  25.37 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  24.41 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0125  hypothetical protein  26.64 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09201  integral membrane protein, DUF6  27.52 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0599232  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5553  hypothetical protein  26.83 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0248  hypothetical protein  24.88 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1751  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  24.05 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  29.77 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.46 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15881  integral membrane protein, DUF6  26.77 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  28.89 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>