217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04698 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS04698  periplasmic substrate binding ABC transporter protein  100 
 
 		 245 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.291783 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3717  extracellular solute-binding protein  70.78 
 
 		 243 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4651  extracellular solute-binding protein  70.78 
 
 		 243 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.545523  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6273  extracellular solute-binding protein  69.83 
 
 		 244 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5977  extracellular solute-binding protein  69.67 
 
 		 244 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5653  extracellular solute-binding protein  69.55 
 
 		 243 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.493733 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7267  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  68.03 
 
 		 264 aa  321  6e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4553  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 		 247 aa  315  4e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6190  extracellular solute-binding protein family 3  68.6 
 
 		 273 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6880  extracellular solute-binding protein  66.8 
 
 		 244 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4744  extracellular solute-binding protein family 3  64.98 
 
 		 277 aa  308  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273902  normal  0.741652 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5602  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 		 244 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5966  extracellular solute-binding protein  67.36 
 
 		 349 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0148213 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6466  extracellular solute-binding protein  65.84 
 
 		 244 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.59873  normal  0.0219509 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3873  extracellular solute-binding protein  64.56 
 
 		 250 aa  300  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.543903  normal  0.744123 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2836  extracellular solute-binding protein  62.13 
 
 		 248 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.918231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3154  extracellular solute-binding protein family 3  58.51 
 
 		 249 aa  263  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0903537  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1361  extracellular solute-binding protein  46.69 
 
 		 269 aa  231  7.000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4109  extracellular solute-binding protein  56.17 
 
 		 264 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.664204  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3636  extracellular solute-binding protein family 3  51.12 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59453 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0588  extracellular solute-binding protein family 3  44.12 
 
 		 207 aa  188  8e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1628  extracellular solute-binding protein  49.33 
 
 		 279 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625521  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8634  extracellular solute-binding protein family 3  40.74 
 
 		 237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.365468  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2646  extracellular solute-binding protein  40.25 
 
 		 266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.997273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45195  predicted protein  37.34 
 
 		 253 aa  135  9e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.177256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0285  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 266 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.994895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3455  putative amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  29.49 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1297  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4313  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.438014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6284  putative periplasmic-binding protein  27.43 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  20.65 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  21.25 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  25.88 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1872  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  24.89 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 267 aa  57  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.56 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  26.24 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1051  extracellular solute-binding protein family 3  28.31 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  26.24 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  24.44 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  28.77 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  25.45 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  25.45 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  26.24 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  25.79 
 
 		 266 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 268 aa  54.7  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 263 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 268 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 247 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  26.84 
 
 		 270 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 268 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 269 aa  53.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0109  arogenate dehydratase  26.32 
 
 		 270 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.54 
 
 		 279 aa  53.1  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 255 aa  53.1  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 269 aa  52.8  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 		 253 aa  52.4  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.95 
 
 		 267 aa  52.4  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0111  prephenate dehydratase  25.44 
 
 		 258 aa  52.4  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.669855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 		 269 aa  52.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1098  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 254 aa  52  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.041078  normal  0.0345837 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  28.26 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  28.26 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 		 261 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 		 279 aa  52  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  32.71 
 
 		 278 aa  51.2  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.05 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  31.01 
 
 		 280 aa  50.1  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0925  extracellular solute-binding protein family 3  31.17 
 
 		 281 aa  50.1  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.796106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 271 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1846  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 		 277 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  24.87 
 
 		 264 aa  49.7  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  23.77 
 
 		 268 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3278  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 276 aa  49.3  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.806697  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15430  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  26.96 
 
 		 297 aa  49.3  0.00006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0169266  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  24.09 
 
 		 260 aa  49.3  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4400  extracellular solute-binding protein family 3  26.41 
 
 		 281 aa  48.9  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.18197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2998  extracellular solute-binding protein family 3  30.3 
 
 		 273 aa  48.9  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 		 266 aa  48.9  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  29.75 
 
 		 575 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 269 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  25.44 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.44 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.44 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>