More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03179 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03179  transcription regulator protein  100 
 
 		 310 aa  623  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379949  normal  0.13271 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  40.82 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  37.76 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.33 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  160  4e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  160  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.33 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 289 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  35.59 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 291 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 291 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.72 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 292 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 300 aa  153  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  31.58 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 300 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  31.58 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  31.58 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  34.48 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9412  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.27 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  31.23 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  34.1 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  34.1 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  34.1 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  34.1 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  34.1 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  34.1 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>